По алгоритму Нидельмана-Вунша была построена матрица глобального выравнивания двух аминокислотных последовательностей:
-Последовательность первых 4-х остатков моего белка (MSDV)
-Последовательность из 5 букв (GSKLV), которая получена путем замены 2-х остатков последовательности первых 4-х остатков моего белка и вставлении дополнительной буквы.
При построении были использованны следующие параметры: вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за гэп = -2. Розовым цветом отмечен оптимальный путь выравнивания.
Вес выравнивания равен 2+2-1-1-2=0