На главную

Мотивы в белке EX5B_ECOLI, описанные в БД Prosite


Упражнение 3
Таблица: Результаты поиска различных мотивов в белке G3P1_ECOLI

Идентификатор документа PROSITE (AC)
PS00017
PS00008
PS00005
PS00006
PS00007
PS00003
PS00001
PS00004
PS00016
Название мотива
ATP_GTP_A
MYRISTYL
PKC_PHOSPHO_SITE
CK2_PHOSPHO_SITE
TYR_PHOSPHO_SITE
SULFATION
ASN_GLYCOSYLATION
CAMP_PHOSPHO_SITE
RGD
Краткое описание мотива
ATP/GTP-binding site motif A (P-loop)
N-myristoylation site
Protein kinase C phosphorylation site
Casein kinase II phosphorylation site
Tyrosine kinase phosphorylation site
Tyrosine sulfation site
N-glycosylation site
cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site
Cell attachment sequence
Тип подписи (паттерн, профиль)
патерн
патерн
патерн
патерн
патерн
правило
патерн
патерн
патерн
Паттерн (регулярное выражение)
[AG] - x(4) - G - K - [ST]
G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P}
[ST] - x - [RK]
[ST] - x(2) - [DE] [S or T is the phosphorylation site]
RK] - x(2) - [DE] - x(3) - Y or [RK] - x(3) - [DE] - x(2) - Y
-
N - {P} - [ST] - {P}
[RK](2) - x - [ST]
R - G - D
Специфична ли подпись?
нет
нет
нет
нет
нет
нет
нет
нет
нет
Сколько мотивов нашлось в белке?
21
5
1
5
1
1
1
1
1
Данная таблица показывает, что результат поиска дал нам некоторое количество мотивов в EX5B_ECOLI. Самое интересное, что среди них не оказалось не одного специфического, но нашлось 9 неспецифических. Это возможно потому, что паттерны многих широкие, т.е. много вариантов остатков на каждую позицию и мотивы короткие, следовательно может найтись много мотивов, которых возможно и нет.