Задание выполнялось со следующими последовательностями:
- Поледовательность моего белка EX5B_ECOLI(P08394) .
- Последовательность белка, гомологичного моему (P57529) .
- Искусственно созданная последовательность, склеенная из двух 11 буквенных участков аминокислотной последовательности моего белка(thirdprot.fasta) .

1. Было построено глобальное выравнивание 2-х последовательностей гомологичных белков P08394 и P57529 при помощи программ needle и water . Результаты, полученные при использовании этих двух программ, имеют небольшое различие. Разница в результатах не очень велика скорей всего потому, что эти программы, выравнивая, вставляли гэпы в различных частях последовательности, считая это более оптимальным, и потому что эти последовательности гомологичны.
2. Было произведено выравнивание последовательностей, содержащих общие участки, при помощи 3-х программ: needle , water и matcher . Полученные результаты идентичны.
3. Также было проведено глобальные выравнивания последовательностей P08394.Fasta и thirdprot.Fasta с помощью программы needle с учётом различных штрафов за открытие гэпа. При штафе в 10- 1to3_10_1.needle , 5- 1to3_5_1.needle , 1- 1to3_1_1.needle . В случае штрафа за открыти гэпа=1 результат отличается, так как штраф невелик и можно вставить гэпы так, что вес будет больше.
4. Построена карта локального сходства последовательностей из P08394.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы dotmatcher. При вводе различных параметров изменяется длинна черочек и их количество.