На главную

Работа с программой PSI-BLAST.

1. Проведение поиска с помощью программы blastp гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt
Параметры поиска:
-учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) - отсутствует.
-фильтрование областей низкой сложности - присутсвует.
-максимальное значение E-value - 10.
-Максимальное количество находок (Number of Descriptions )- 100.

Таблица отчета 1. Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt

  Кол-во E-value лучшей находки Название лучшей находки (ID ) Процент идентичности Длина выравнивания
Всего находок 117 5*10-82 LGB1_LUPLU 100% 154
Бактерии (Bacteria) 36 1*10-6 HMP_RHIME 29% 117
Escherichia coli K-12 0 - - - -
Животные(Metazoa) 26 2*10-6 NGB_BRARE 25% 141
Человек 3 5,8 CRNL1_HUMAN 28% 78

Из таблицы видно, что удалось обнаружить гомологи среди белков человека, но среди белков кишечной палочки нет.

2.Проведение поиска с помощью программы PSI-BLAST гомологов LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt.
    Параметры программы PSI-blastp:
    -учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) - отсутствует.
    -фильтрование областей низкой сложности - присутсвует.
    -максимальное значение E-value - 10.
    -Максимальное количество находок (Number of Descriptions )- 100.


Таблица 2. Итерационный поиск гомологов LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt с помощью программы PSI-BLAST


Номер итерации
Бактерии
Животные
Характеристика лучшей находки среди белков
Escherichia coli, K-12
Homo sapiens sapiens
Кол-во
Новые
Кол-во
Новые
Название
E-value
Процент идентичности
Длина выравнивания
Название
E-value
% идентичности
Длина выравнивания
1
 21(36) 21+ 5(26) 5+ - - - - CRNL1_HUMAN 5,8 28% 78
2
 38(50) 17+ 332 327+ HMP_ECOLI 1*10-29 20% 148 NGB_HUMAN 2*10-19 21% 143
3
 38(47) - 879(890) 547+ HMP_ECOLI 6*10-28 20% 148 HBG2_HUMAN 8*10-45 18% 150
4
     884(896) 5+ HMP_ECOLI 2*10-22 20% 143 HBE_HUMAN 5*10-54 17% 154
5
     884(894) - HMP_ECOLI 2*10-22 20% 143 HBE_HUMAN 5*10-54 17% 154


3.- Psi-Blast можно использовать для поиска различных гомологов, но в отличие от других он шире, т.е. можно найти достаточно далёкие гомологи.
- Первая итерация представляет собой нахождение последовательности по PSSM-профилю.
- В результате второго упражнения удалось найти большое количество гомологов.
- На разных итерциях изменялись E-value процент идентичности