Практикум 11. Гомология и выравнивание. Домены. JalView
1. Выбор семейства белковых доменов из базы Pfam
Из списка доменов базы Pfam был выбран домен - Trypsin (PF00089), удовлетворяющий условию выбора по количеству последовательностей в выравнивании seed
(более 20) и имеющий более 3 структур.
2. Краткое описание семейства, выбранного домена
Трипсины представляют собой ключевые белки, участвующие в процессах переваривания белков в клетках животных путем разрушения пептидных связей
, образованных карбоксильной группой остатков лизина и аргинина. Каталитическая активность сериновых протеаз из семейства трипсина обеспечивается
системой передачи заряда, в которой остаток аспарагиновой кислоты связан водородной связью с гистидином, который, в свою очередь,
связан водородной связью с серином.
Этот домен встречается только у Эукариот и Бактерий, не встречается у Архей.
3. Выравнивание белковых доменов (seed) и его описание с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножеств