Практикум 2

Задание 1

С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A- и B-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc", а также Z-форма дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 10 раз повторенную последовательность "gc".

Данные структуры были сохранены в соответствующих файлах: A-форма , B-форма , Z-форма

Задание 2

Для выполнения этого задания была выбрана B-форма ДНК, сгенерированная в задании 1, и 1bna (B-form), полученная экспериментальными данными.

При рассмотрении экспериментальной структуры визуально были определены большая и малая бороздки.

Заданным азотистым основанием являлся тимин.

С помощью PyMol было получено изображение тимина с позицией 20, красным цветом были выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.

- В сторону большой бороздки обращены атомы: T20.C4, T20.O4, T20.C5, T20.C6, T20.C7

- В сторону малой бороздки обращены атомы: T20.N1, T20.C2, T20.O2, T20.N3

Задание 3

Для выполнения этого задания была взята тРНК 2DLC.

Поскольку пакет 3DNA работает со старым форматом PDB, то был произведен перевод файла в старый формат при помощи программы remediator:

 ! remediator -- old ''2DLC.pdb'' > ''2DLC_old.pdb 

Для анализа струтуры выбранной тРНК был использован следующий конвеер:

 find_pair -t 2DLC_old.pdb stdout | analyze 

В результате был создан ряд файлов с описанием разных параметров структуры. Для выполнения задания 3 был использован файл 2DLC.out, из которого были найдены следующие данные:

1. Номера нуклеотидов, образующих стебли (stems) во вторичной структуре заданной тРНК:

(501-507)--(566-572)

(549-553)--(561-565)

(542-544)--(526-528)

(510-513)--(522-525)

2. Неканонические пары оснований в структуре тРНК:

504U -- 569G

554t -- 558a

555P -- 518g

542U -- 528A

544A -- 526g

513A -- 522A

514A -- 508U

515G -- 548c

3. Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру:

519G -- 556С