Для выполнения заданий данного практикума мною был выбран организм Heteronotia binoei (его еще называют геккон Байноэ), английское название - Bynoe's gecko.
Я решила работать с данным организмом, поскольку очень люблю ящериц.
Данный вид геккона - эндемик Австралии, имеет крупную популяцию на острове Барроу. Назван в честь британского натуралиста Бенджамина Байно - военно-морского хирурга, участвовавшего в экспедиции Ч.Дарвина.
Способен размножаться партеногенезом, что позволило ему хорошо адаптироваться в пустынях Австралии.
В отличие от других гекконов имеет плохо развитые ламеллы (липкие подушечки на лапках), поэтому не может подпиматься по гладким поверхностям (по стеклу).
Также для гекконов характерна полифиодонтия - зубы меняются на протяжении всей жизни, вырастая каждые несколько месяцев.
Помимо этого гекконы, как и все ящерицы, имеют защитный механизм - аутотомию (способность отбрасывать хвост).
Для изучения данного организма через систему поиска на сайте NCBI Datasets была найдена сборка генома по полному названию Heteronotia binoei .
В результате поиска была найдена только 1 сборка генома. Она удовлетворяет следующим требованиям:
1. Имеет аннотированные гены.
2. Имеет качество сборки на уровне Chromosome.
3. Отмечена, как референсная.
Ниже в таблице представлены некоторые характеристики выбранной сборки.
Таблица 1. Характеристики геномной сборки Heteronotia binoei .
| Идентификатор GenBank | |
| Идентификатор RefSeq | |
| Уровень сборки генома | |
| Общий размер генома | |
| Число фрагментов генома в сборке | |
| Scaffold N50 | |
| Scaffold L50 | |
| Contig N50 | |
| Contig L50 |
N50 - длина контига или скэффолда, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах или скэффолдах такой и большей длины.
L50 - наименьшее число контигов или скэффолдов, в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки.
В рамках данного задания была скачана информация о геномной сборке Heteronotia binoei из RefSeq через систему поиска на сайте:
1. Нуклеотидные последовательности генома.
2. Последовательности белков.
3. Последовательности генома с аннотацией.
Для выполнения этого задания был выбран белок инсулин.
Пользуясь Advanced Search на сайте NCBI были найдены следующие данные:
1. По запросу:
insulin[Title]
было найдено всего 44386 записей нуклеотидных баз данных, посвещенных генам и мРНК белков со словом "insulin" (4147 - genomic DNA, 40239 - mRNA)
Из них 5537 записей из GenBank, 35063 - из RefSeq.
2. По запросу:
(insulin[Title]) AND Homo sapiens[Organism]
было выдано 3935 записей из GenBank, принадлежащих человеку (из них 3855 - mRNA, 80 - genomic DNA) и 236 из RefSeq (из них 217 - mRNA, 19 - genomic DNA). Всего записей, посвященных mRNA, было найдено 4092. Для genomic DNA было найдено 1480 записей.
Также было выяснено, что не все записи содержат последовательности, кодирующие белки с соответствующей функцией. В выдаче, например, присутствуют последовательности, кодирующие субстраты инсулинового рецептора (insuline receptor substrate-2).
Помимо этого, пользуясь Advanced Search на сайте ENA по запросу
tax_tree(9606) AND description="insulin"
было найдено 9347 записей для человека, содержащих слово "insulin".
По запросу:
tax_tree(9606) AND description="insulin" AND mol_type="mrna"
было найдено 7185 записей, описывающих мРНК.
По запросу:
tax_tree(9606) AND description="insulin" AND mol_type="genomic dna"
было найдено 163 записи - гены белков человека.