Данный домен относится к эукариотическим организмам из царства Virdiplantae и несистематическим эукариотам, а также к несистематическим бактериям и типу Cyanobacteria. LdpA является железно-серным белком, участвует в окислительно-восстановительных реакция у цианобактерий и является светозависимым.
Ссылки на выравнивания в Jalview:
Были найдены три максимально достоверных блока для всех последовательностей на участках: 9-42, 123-129, 211-219. Также можно выделить максимально достоверный блок для первых 55 последовательностей: 85-109, и блок 120-136 для первых 50. В выравнивании присутсвуют участки, в которых нет достоверных блок из-за большой частоты встречаемости гэпов: 49-53, 143-208, 242-275.
Основываяся на эти данные, мы можем сделать вывод, что выравнивание наилучшим образом отражает гомологию с 85 по 136 и с 211 по 219 позиции, в то время как на участках 49-53, 143-208, 242-275 маловероятно достоверное отображение хода эволюции.
Для данного задания я выбрал две доменные архитектуры: 'Fer4_6, LdpA_C', в которой содержится 15 последовательностей (в Uniprot из них есть только 13) и 'Fer4_7, LdpA_C' в которой содержится 13. Далее из базы Uniprot были скачаны последовательности в формате fasta, и в Jalview был создан файл, содержащий множественные выравнивания для каждой архитектуры.
Достовернные блоки в выравнивании последовательностей первой архитектуры:
Достовернные блоки в выравнивании последовательностей второй архитектуры:
Хотя на первый взгляд данные выравнивания не имеют общих достовернных блоков, я решил создать общее выравнивание в Jalview (ссылка на файл), чтобы проверить их наличие, и нашел несколько со следующими координатами:
Вывод: из приведенных данных видно, что идентичные участки отличаются на более чем 100 значений. Поэтому можно сказать что домены, входящие в состав белков с разной доменной архитектурой, достоверно различаются (однако это применимо только в значении номеров участков, а говорить так про состав достоверных блоков нельзя).