В поисковой строке в разделе Taxonomy я ввел название бактерии, про которую писал обзор (Phytobacter diazotrophicus). В выдаче был получен всего один результат. Далее в описании данной бактерии в разделе 'Related UniProtKB entries' я перешел по ссылке, тобы просмотреть все 16 результатов выдачи. Из них только 9 имели степень аннотации 2 (у остальных 7 она равна 1). данный белок я выбрал, так как мне понравился его ID и у него было достаточно интересных функций.
Данный белок называется B субъединицей ДНК-гиразы. Его функция сводится к катализу изменения топологического состояния ДНК путем разрезания молекулы ДНК, чтобы образовать проход, через который может пройти вторая молекула ДНК. Далее разрыв цепей в первой молекуле будет устранен под действием гидролиза АТФ.
С помощью поисковой строки я оценил распространенность данного белка. В выдаче было получено 53211 белков.
(protein_name:"DNA gyrase subunit B")
Далее я просмотрел сколько из них относятся к бактериям. Получил 51234 белков.
(protein_name:"DNA gyrase subunit B") AND (taxonomy_id:2)
Потом я выяснил, что у некоторых бактерий (в 3743 случаях) данный белок не связывается с молекулой ДНК.
(protein_name:"DNA gyrase subunit B") NOT (ft_dna_bind:*) AND (taxonomy_id:2)
Также я выяснил, что в роде Phytobacter кроме данного белка есть еще 108, которые являются изомеразами.
NOT (protein_name:"DNA gyrase subunit B") AND (taxonomy_id:447792) AND (keyword:KW-0413)