Практикум 9.

Задание 1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков.

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Flagellar hook-associated protein 2 FLID_ECOLI FLID_BACSU 355 23.8% 44.7% 68 21
Acyl carrier protein ACP_ECOLI ACP_BACSU 216.0 60.3% 71.8% 1 1
Divalent metal cation transporter MntH MNTH_ECOLI MNTH_BACSU 1030.0 48.1% 69.2% 19 5

Задание 2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков.

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Flagellar hook-associated protein 2 FLID_ECOLI FLID_BACSU 364.5 24.4% 45.6% 60 17 96.7% 98.0%
Acyl carrier protein ACP_ECOLI ACP_BACSU 216.0 61% 72.7% 0 0 98.7% 100%
Divalent metal cation transporter MntH MNTH_ECOLI MNTH_BACSU 1034.0 48.6% 69.8% 17 4 99.0% 99.5%

Задание 3. Выравнивание неродсвенных белков.

Глобалное выравнивание:

ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
AAAT_ECOLI BBEX_BACSU 12.0 3.5% 6.9% 418 4

Локальное выравнивание:

ID 1 ID 2 Score % Identity Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
AAAT_ECOLI BBEX_BACSU 27.5 28.6% 57.1% 8 1 8.0% 5.2%

Задание 4. Множественное выравнивание белков с мнемоникой функции MNTH.

Для выравнивания были выбраны белки с мнемоникой MNTH (рекомендованное полное имя белка из ECOLI - Divalent metal cation transporter MntH).В базе UniProtKB по запросу (protein_name:"Divalent metal cation transporter MntH") было найдено 111 записей Swiss-Prot. Я выбрал следующие 7:

  1. MNTH_ECOLI
  2. MNTH_BACSU
  3. MNTH_MYCTU
  4. MNTH_SALTY
  5. MNTH_AERHH
  6. MNTH_VEREI
  7. MNTH_ACICJ

На сервере kodomo был создан файл mnth.txt, формат которого был изменен командой seqret на fasta. Далее я построил множественное выравнивание с помощью команды:

muscle -in mnth.fasta -out mnth_alignment.fasta

Чтобы оценить выравнивание, я скачал файл mnth_alignment.fasta на свой компьютер и раскрасил колонки выравнивания по проценту идентичности в программе Jalview. Это позволило оценить выравнивания, так как были обнаружены совпадающие участки (которые скорее всего являютя консервативными): 40-48, 50-68, 70-75, 77-85, 87-101, 116-138, 222-236, 317-342, 344-352, 354-363, 365-384, 386-392. Наличие такого большого количества идентичных столбцов доказывает, что данные белки гомологичны. Ссылка на проект с выравниванием в Jalview.