Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Flagellar hook-associated protein 2 | FLID_ECOLI | FLID_BACSU | 355 | 23.8% | 44.7% | 68 | 21 |
Acyl carrier protein | ACP_ECOLI | ACP_BACSU | 216.0 | 60.3% | 71.8% | 1 | 1 |
Divalent metal cation transporter MntH | MNTH_ECOLI | MNTH_BACSU | 1030.0 | 48.1% | 69.2% | 19 | 5 |
Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Flagellar hook-associated protein 2 | FLID_ECOLI | FLID_BACSU | 364.5 | 24.4% | 45.6% | 60 | 17 | 96.7% | 98.0% |
Acyl carrier protein | ACP_ECOLI | ACP_BACSU | 216.0 | 61% | 72.7% | 0 | 0 | 98.7% | 100% |
Divalent metal cation transporter MntH | MNTH_ECOLI | MNTH_BACSU | 1034.0 | 48.6% | 69.8% | 17 | 4 | 99.0% | 99.5% |
Глобалное выравнивание:
ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
---|---|---|---|---|---|---|
AAAT_ECOLI | BBEX_BACSU | 12.0 | 3.5% | 6.9% | 418 | 4 |
Локальное выравнивание:
ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
AAAT_ECOLI | BBEX_BACSU | 27.5 | 28.6% | 57.1% | 8 | 1 | 8.0% | 5.2% |
Для выравнивания были выбраны белки с мнемоникой MNTH (рекомендованное полное имя белка из ECOLI - Divalent metal cation transporter MntH).В базе UniProtKB по запросу (protein_name:"Divalent metal cation transporter MntH") было найдено 111 записей Swiss-Prot. Я выбрал следующие 7:
На сервере kodomo был создан файл mnth.txt, формат которого был изменен командой seqret на fasta. Далее я построил множественное выравнивание с помощью команды:
Чтобы оценить выравнивание, я скачал файл mnth_alignment.fasta на свой компьютер и раскрасил колонки выравнивания по проценту идентичности в программе Jalview. Это позволило оценить выравнивания, так как были обнаружены совпадающие участки (которые скорее всего являютя консервативными): 40-48, 50-68, 70-75, 77-85, 87-101, 116-138, 222-236, 317-342, 344-352, 354-363, 365-384, 386-392. Наличие такого большого количества идентичных столбцов доказывает, что данные белки гомологичны. Ссылка на проект с выравниванием в Jalview.