Практикум 10.

Задание 1.

Для выполнения данного задания я выбрал геномы Phytobacter diazotrophicus (по этой бактерии я делал миниобзор ы первом семестре) и Cronobacter sakazakii (относится к тому же семейству, что и Phytobacter; выбор пал именно на этот организм из-за названия). Запуск алгоритмов BLAST происходил по средством использования "кодов идентификации" (accession number). Их я нашел через базу данных Nucleotide на сайте NCBI. Выравнивание последовательностей происхдило с использованием алоритмов blastn с длиной слова 11 и megablast с длиной слова 16 и 28.

Fig. 1. Dot Plot карта при размере слова 11 (blastn).
Fig. 2. Dot Plot карта при размере слова 16 (megablast).
Fig. 3.. Dot Plot карта при размере слова 28 (megablast)

Анализ Dot Plot.

Анализ проводился по изображению Fig. 2.. По оси Ox расположен геном Phytobacter, по оси Oy - геном Cronobacter.

Fig. 4.Анализ карты Dot Plot.
Fig. 4.Анализ карты Dot Plot с пронумерованными крупными участками, соответсвующими глобальным перестройкам.

Линия выравнивания является восходящей, что свидетельствует об одинаковой ориентации цепей.Синие столбцы соответсвуют участкам, где либо произошли делеции, либо инсерции. Красными линиями я выделил участки, претерпевшие инверсию. Фиолетовым цветом показаны недостающие учаскти линии. Желтыми цветом - возможное соответствие участков, подвергшимся релокации, недостающим участкам линии выравнивания. Начало линии по оси Ox только с 400K нуклеотида можно объяснить тем, что разрезали геномы бактерий в разных местах.

На графике можно выделить шесть крупных участков, сответсвующих глобальным перестройкам:

  1. Длирна составляет около 150 тыс. нуклеотидов; претерпел траслокацию и инверсию; небольшой разрыв по оси Oy мог образоваться в результате инсерции.
  2. Длина примерно равна 220 тыс. нуклеотидов; подвергся транслокации и инверсии.
  3. Длина 300 тыс. нуклеотидов; изменения аналогичные перестройке на участке 1.
  4. Длина около 150 тыс. нуклеотидов; был транслоцирован и инвертирован.
  5. Длина около 100 тыс. нуклеотидов; был транслоцирован и инвертирован.
  6. Длина около 100 тыс. нуклеотидов; претерпел инверсию.