Задание 1.
Задание 2.
Мною была выбрана экспереминтальная структура ДНК в B-форме. Я выбрал С9.
В сторону большой бороздки обращены атомы C9.с4, C9.с5, C9.с6, C9.n4.
В сторону малой бороздки обращены атомы C9.n1, C9.с2, C9.n3, C9.o2.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.0 | 33.8 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 17 (A:DC16-B:DC28) | 17.9 (A:DA10-B:DT27) | 18.6 (A:DG3-B:DC16) |
| Ширина малой бороздки | 8 (A:DT7-B:DC28) | 11.7 (A:DA18-B:DT27) | 9.9 (A:DG9-B:DC16) |
Задание 3.
Торсионные углы
Для данного задания я выбрал тРНК 1F7V. Из ниже представленных данных следует, что торсионные углы молекулы тРНК больше всего похожи на углы A-ДНК.
Стебли тРНК
Снизу представлены номера нуклеотидов, образующих стебли (stems) во вторичной структуре выбранной мной тРНК:
- strand 1: 901-907 (strand 2: 966-972) - акцептоорный стебель
- strand 1: 949-953 (strand 2: 961-965) - T-стебель
- strand 1: 939-944 (strand 2: 926-931) - антикодоновый стебель
- strand 1: 910-913 (strand 2: 922-925) - D-стебель
Были обнаружены неканонические связи (первым в паре приведен нуклеотид из 'strand 1', вторым - из 'strand 2'):
- 901:PSU-972:A
- 905:U-968:G
- 954:5MU-958:1MA
- 955:PSU-917:G
- 943:A-927:PSU
- 944:A-926:M2G
- 913:C-922:C
- 914:A-908:U
- 915:A-948:U
В структуре тРНК есть дополнительные водородные связи, стабилизирующие ее третичную структуру:
- 954:5MU-958:1MA
- 955:PSU-917:G
- 914:A-908:U
- 915:A-948:U
- 918:G-956:C