Практикум 3.

Задание 1.

В последовательности тРНК на позиции 33 был инозин, из-за чего команда einverted не работала. После замены 'I' на 'D' ('D' означает, что на данной позиции может быть аденин, гуанин, тимин или урацил, что соответсвует свойствам инозина, который может образовывать пары с урацилом, тимином, цитозином и аденином) команада einverted начала исправно работать.

Позиции в структуре (по результатам find_pair ) Результаты предсказания с помощью einverted Результаты предсказания по алгоритму Зукера Aкцептоный стебель 1-7; 66-72 1-7; 66-72 1-6; 67-72 D-стебель 10-13; 22-25 - 7-12; 17-22 Т-стебель 49-53; 61-65 - 49-53; 61-65 Антикодоновый стебель 26-31; 39-44 - 27-31; 39-43 Общее число канонических пар нуклеотидов 18 7 20

Задание 2.

Упражнение 1.

Для выполнения данного задания была использована структура 1PP8. Список команд, чтобы задать множество:

• атомов кислорода 2'-дезоксирибозы: select set1, name O3'+O5'
• атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты: select set2, name OP*
• атомов азота в азотистых основаниях: select set3, name N* and polymer.nucleic
• скрипт-файл с определениями этих множеств
• файл, который последовательно показывает изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.

Упражнение 2.

Таблица 1.Контакты разного типа в комплексе 1PP8.

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	1	13	14
остатками фосфорной кислоты	7	5	12
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	2	4	6
остатками азотистой кислоты со стороны малой бороздки	2	0	2

Упражнения 3 и 4.

Так как nucplot отказывался работать с файлом 1pp8_old.pdb в старом pdb формате (см. Fig. 2), мною было принято решение взять другую структуру 1r4o из списка. С помощью nucplot я получил файл nucplot.ps, который затем конвертировал в pdf документ. На полученной схеме у Lis461(A) больше всего контактов с ДНК. Также для для определения последовательности ДНК может быть важен Arg466(A), который взаимодествует с тимином, образуя две водородные связи.