Практикум 8.
Задание 1.
Краткое описание выбранного участка генома.
Для данного задания я выбрал участок с геном, кодирующим убиктивин-конъюгирующий фермент E2 (разновидность 1), из геномной сборки снежного барса.
- Идентификатор нуклеотидной записи: GCA_023721935.1 (в GenBank); GCF_023721935.1 (в RefSeq)
- Координаты фрагмента в записи: 100155000-100157500
- Длина фрагмента: 2,500 nt
- ссылка на файл с последовательностью в формате fasta
Поиск Blast.
Я выбрал надотряд Galloanserae (он также как и род Пантеры относится к надклассу Tetrapoda) в качестве целевого и провел поиск следующими методами:
- blastn - в выдаче было получено 255 последовательностей при длине 'слова' равной 11 и осталными поисковыми параметрами по умолчанию. Blastn используется для поиска нуклеотидных последовательностей в нуклеотидной базе данных, что может быть полезным при поиске гомологов для последующего выравнивания и определения консерватвых участков последовательности.
- megablast -в выдаче было получено 73 последовательности при длине 'слова' равной 28. Megablast используется для поиска очень похожих нуклеотидных последовательностей в нуклеотидной базе данных, что позволяет получить более четкий график DotPlot.
- blastx - в результате было найдено 146 последовательностей при длине 'слова' 6. Blastx переводит нуклеотидную последовательность в аминокислотную и после этого производит поиск по белковой базе данных (можно использовать для поиска гомологов белка).
- tblastx - не нашел ничего при длине 'слова' равной 3, а при длине 2 алгоритм досрочно прекращал выполнение поиска, так как время, отведенное для выполнения запроса, было превышено. Поэтому я изменил целевой таксон до рода Anser (taxid:8842) и в результате поиска при длине 'слова' 3 получил 29 последовательностей. Tblastx ищет последовательности в транслированной нуклеотидной базе данных (может быть использован для получения большего числа гомологов белка; но он очень медленно работает).
Задание 2.
Поиск был проведен по 16S и 23S РНК, которые соответсвуют малой и большой субъединицам прокариотической рибосомы. Поиск осуществлялся с помощью
Поиск проводился с использованием blastn, так как требовалось найти ген по очень далекоу гомологу. Ниже приведена команда для индексирования последовательности генома моего организма:
makeblastdb -in GCF_023721935.1_Puncia_PCG_1.0_genomic.fna -dbtype nucl -out puncia
Команды для поиска гомологов 16S и 23S по индексированному геному:
blastn -task blastn -query 23s.txt -db puncia -out res23s.out -evalue 0.05 -word_size 11
blastn -task blastn -query 16s.txt -db puncia -out res16s.out -evalue 0.05 -word_size 7
Для 16S субъедницы был найден гомологичный участок на неразмещенном скаффолде (файл с выдачей поиска по blastn). В случае 23S было найдено три совпадения: на неразмещенном скаффолде, в митохондриальном геноме (что довольно ожидаемо) и в участке хромосомы B4 (ссылка на файл с результатом поиска).