Соответсвие таксонов и нетривиальных веток, которые выделяют их занесено в таблицу 2.
Таблица 2.
Нетривиальная ветка
таксон
{PARDP, BARHE}
Alphaproteobacteria
{BURMA, POLAQ}
Burkholderiaceae
{PASMU, HAEIN}
Pasteurellaceae
{PASMU,HAEIN,ECOLI}
Gammaproteobacteria
Задание 2.
Для выполнения данного задания мною был выбран белок с мнемоникой IF2, который является фактором трансляции 2 и характерен для бактерий. Данный белок стабилизирует комплекс из формилметиониновой тРНК и 50S (большой субъединицы рибосомы) за счет энергии, полученной при катализируемым им гидролизе ГТФ. Ниже представлены три раздела, посвященные построению филогенетических деревьев с помощью разных алгоритмов.
Рис. 2. Филогенетическое дерево, построенное по результату работы алгоритма Fastme.Рис. 3. Филогенетическое дерево, построенное по результату работы алгоритма Fastme (с переукорененим в среднюю точку).
Рис. 5. Филогенетическое дерево, построенное по результату работы алгоритма PhyML.Рис. 6. Филогенетическое дерево, построенное по результату работы алгоритма PhyML (с переукорененим в среднюю точку).
Практикум 3.
Задание 1.
В ходе выполнения данного задания было построено филогенетическое дерево с укоренением посредством внешней группы. Для этого был выбран белок IF2 сенной палочки (Bacillus subtilis). Дерево создано на основе результата работы алгоритма FastME.
Рис. 7. Филогенетическое дерево, построенное по результату работы алгоритма FastME (c применением метода Bootstrap с парметром 100).Рис. 8. Филогенетическое дерево, построенное по результату работы алгоритма FastME (c применением метода Bootstrap с парметром 100; укоренение в среднюю точку).
Задание 3. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям 16S РНК.
Рис. 9. Филогенетическое дерево, построенное по результату работы алгоритма FastME с переукорененим в среднюю точку (по последовательностям 16S РНК).
Формула дерева: (((ECOLI:0.092435,(PASMU:0.046805,HAEIN:0.049154):0.048529):0.06679,(PARDP:0.091853,BARHE:0.084671):0.101133):0.072163,BURMA:0.071179,POLAQ:0.086421)