Практикум 1.
Отобранные бактерии
| Название | Мнемоника |
|---|---|
| Bartonella henselae | BARHE |
| Burkholderia mallei | BURMA |
| Escherichia coli | ECOLI |
| Haemophilus influenzae | HAEIN |
| Paracoccus denitrificans | PARDP |
| Pasteurella multocida | PASMU |
| Polynucleobacter asymbioticus | POLAQ |
Скобочная формула дерева
((PARDP, BARHE), ((POLAQ, BURMA), ((PASMU, HAEIN), ECOLI)))
Отображение дерева
Ветви дерева
Дерево содержит следующие ветви:
- {PARDP, BARHE} против {POLAQ,BURMA,PASMU,HAEIN,ECOLI}
- {BURMA, POLAQ} против {PARDP,BARHE,PASMU,HAEIN,ECOLI}
- {PASMU, HAEIN} против {PARDP,BARHE,POLAQ,BURMA,ECOLI}
- {PASMU,HAEIN,ECOLI} против {PARDP,BARHE,POLAQ,BURMA}
Практикум 2.
Задание 1.
В списке, представленном ниже, содержится информация о таксонах бактерий, по которым строилось филогенетическое дерево из практикума 1 (рис. 1):
- Bartonella henselae: cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Alphaproteobacteria; Hyphomicrobiales; Bartonellaceae; Bartonella
- Burkholderia mallei: cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; pseudomallei group
- Escherichia coli: cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia
- Haemophilus influenzae: cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus
- Paracoccus denitrificans: cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Paracoccaceae; Paracoccus
- Pasteurella multocida: cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Pasteurella
- Polynucleobacter asymbioticus: cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Polynucleobacter
Соответсвие таксонов и нетривиальных веток, которые выделяют их занесено в таблицу 2.
| Нетривиальная ветка | таксон |
|---|---|
| {PARDP, BARHE} | Alphaproteobacteria |
| {POLAQ,BURMA,PASMU,HAEIN,ECOLI} | Pseudomonadota |
| {BURMA, POLAQ} | Burkholderiaceae |
| {PARDP,BARHE,PASMU,HAEIN,ECOLI} | Pseudomonadota |
| {PASMU, HAEIN} | Pasteurellaceae |
| {PARDP,BARHE,POLAQ,BURMA,ECOLI} | Pseudomonadota |
| {PASMU,HAEIN,ECOLI} | Gammaproteobacteria |
| {PARDP,BARHE,POLAQ,BURMA} | Pseudomonadota |
Задание 2.
Для выполнения данного задания мною был выбран белок с мнемоникой IF2, который является фактором трансляции 2 и характерен только для бактерий. Данный белок стабилизирует комплекс из формилметиониновой тРНК и 50S (большой субъединицы рибосомы) за счет энергии, полученной при катализируемым им гидролизе ГТФ. Ниже представлены три раздела, посвященные построению филогенетических деревьев с помощью разных алгоритмов.
Fastme.
TNT.
PhyML.
Практикум 3.
Задание 1.
В ходе выполнения данного задания было построено филогенетическое дерево с укоренением посредством внешней группы. Для этого был выбран белок IF2 сенной палочки (Bacillus subtilis). Дерево создано на основе результата работы алгоритма FastME.
