ПРАКТИКУМ 11
Гомология и множественное выравнивание
Петрова Анастасия
СЕМЕЙСТВО ДОМЕНОВ PF18415
Для анализа было выбрано семейство доменов PF18415.
- ID семейства: HKR_ArcB_TM
- Формальное название - Histidine kinase receptor ArcB trans-membrane domain
- Число последовательностей в seed - 33
- Число последовательностей в seed - 273
- Число доменных архитектур - 16
Трансмембранный домен гистидин-киназного рецептора ArcB состоит из 2 трансмембранных спиралей, соединенных короткой периплазматической петлей. В остальном структура гистидин-киназных рецепторов достаточно вариабельна и не всегда домен ArcB в нее входит.
ArcB расшифровывается как сенсор контроля аэробного дыхания В (class 2, aerobic respiratory control sensor)
Домен распространен среди различных гаммапротеобактерий, также встречаются представители классов Anaerolineae, Chloroflexi, Actinomycetia (High G+C Gram-Positive Bacteria), Deinococci, Alphaproteobacteria и, как ни странно, власоглав.
Cтруктура домена ArcB, полученная с помощью ЯМР-спектроскопии
ОПИСАНИЕ ВЫРАВНИВАНИЯ SEED
Абсолютно консервативными позициями являются 5, 70 и 73. Максимально достоверные блоки, включающие в себя все последовательности: с 4 по 12 и с 49 по 73 позиции. Наиболее консервативный подблок в позициях с 43 по 73, последовательности:
- A0A085HFE7_9GAMM/15-89
- A0A084A3U4_9GAMM/15-89
- A0A0B8NPG0_9VIBR/15-89
- M4U953_9GAMM/17-91
- M4U953_9GAMM/17-91
- A1STF1_PSYIN/17-91
- Q5E2X9_ALIF1/15-89
- A0A0F5EZZ0_AVIPA/15-89
- ARCB_HAEIN/15-89
- Q9CNW0_PASMU/15-89
- B0USG6_HISS2/15-89
- I3D7L1_9PAST/15-89
- A6VMN3_ACTSZ/15-89
- A0A0A3AKR8_9PAST/15-89
- B8F495_HAEPS/15-89
- A0A0J5P676_9PAST/15-89
- M4R627_BIBTR/15-89
- F9QAL5_9PAST/15-89
- A0A0J1JG58_9GAMM/15-89
- A9MNZ7_SALAR/25-99
- R9PR28_AGAAL/15-89
- A0A090IGQ0_9GAMM/15-89
- H2FYE7_OCESG/15-89
- A0KGQ2_AERHH/15-89
- C4LAP2_TOLAT/15-89
Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков с 13 по 39 позиции.
Самыми консервативными участками являются концы последовательностей (сами трансмембранные спирали), в то время как наиболее вариабельныой является середина (периплазматическая петля).
ДОМЕНЫ, ВХОДЯЩИЕ В СОСТАВ БЕЛКОВ С РАЗНОЙ ДОМЕННОЙ АРХИТЕКТУРОЙ
Для анализа были взяты белки с архитектурой PF18415 - PF00989 - PF00512 (17 белков) и PF18415 - PF00989 - PF00512 - PF02518 (16 белков).
Достоверные блоки:
- 1-42 позиции, гидрофобный участок, скорее всего спираль
- 66-128 позиции, гидрофильный участок
- 148-195 позиции, скорее гидрофильный участок
- 220-284 позиции, скорее гидрофильный участок, наиболее консервативные аминокислоты заряжены положительно
Различий между доменами в белках с разной архитектурой не было обнаружено, вероятно из-за того, что сами архитектуры в этих белках достаточно схожи по составу, несмотря на вариабельность белка в целом.
Проект в Jalview