Выравнивание последовательностей

Петрова Анастасия

ГЛОБАЛЬНОЕ ПАРНОЕ ВЫРАВНИВАНИЕ ГОМОЛОГИЧНЫХ БЕЛКОВ

В результате глобального парного выравнивания трёх пар белков получили следующую таблицу:

Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating	6PGD_ECOLI	6PGD_BACSU	1718.0	70.0%	83.4%	3	3
Allantoin permease	ALLP_ECOLI	ALLP_BACSU	980.0	37.0%	60.2%	16	8
Biotin synthase	BIOB_ECOLI	BIOB_BACSU	470.0	28.5%	49.1%	69	9

ЛОКАЛЬНОЕ ПАРНОЕ ВЫРАВНИВАНИЕ ГОМОЛОГИЧНЫХ БЕЛКОВ

В результате локального парного выравнивания трёх пар белков получили следующую таблицу:

Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков
Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1/2
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating	6PGD_ECOLI	6PGD_BACSU	1719.0	70.1%	83.6%	3	3	99.8%/99.8%
Allantoin permease	ALLP_ECOLI	ALLP_BACSU	986.0	38.6%	62.7%	4	4	94.4%/92.9%
Biotin synthase	BIOB_ECOLI	BIOB_BACSU	477.5	35.0%	59.9%	6	5	91.6%/86.3%

РЕЗУЛЬТАТ ПРИМЕНЕНИЯ ПРОГРАММ ВЫРАВНИВАНИЯ К НЕРОДСТВЕННЫМ БЕЛКАМ

В результате применения программ выравнивания к неродственным белкам получили следующую таблицу:

Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков. Часть 1
Protein Name 1	Protein Name 2	ID 1	ID 2	Score
Quinone-dependent D-lactate dehydrogenase	Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G	DLD_ECOLI	RSMG_BACSU	28.5
Quinone-dependent D-lactate dehydrogenase	Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G	DLD_ECOLI	RSMG_BACSU	53.5

Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков. Часть 2
% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
9.8%	15.9%	438	22
22.4%	38.2%	67	12	24.0%	56.9%

Поскольку это неродственные белки, и хинон-зависимая D-лактат дегидрогеназа присутствует только в Escherichia coli (strain K12), несложно предположить, что выравниваться неродственные белки будут гораздо хуже, чем это делают гомологичные.

МНОЖЕСТВЕННОЕ ВЫРАВНИВАНИЕ БЕЛКОВ И ИМПОРТ В JALVIEW

Выравнивалась биотин-синтаза BIOB_* (Biotin synthase). По запросу "(reviewed:true) AND (id:BIOB_*)" в UniprotKB нашлось 580 результатов,помимо BIOB_ECOLI и BIOB_BACSU были выбраны: BIOB_YEAST, BIOB_EMENI, BIOB_MYCTU, BIOB_SCHPO, BIOB_ARATH. Все - хорошо изученные модельные организмы. Для структуры биотин-синтазы характерно наличие TIM-бочки, о чем свидетельствует наличие консервативных участков (95-144, 204-251, 274-278, 283-285, 304-325, 339-354 столбцы) с большим количеством полярных и заряженных аминокислот.

Проект в Jalview