UniProt Proteomes, EMBOSS, bash

Петрова Анастасия

ВЫБОР И СКАЧИВАНИЕ ПРОТЕОМА

В качестве сравниваемого протеома был выбран референсный протеом Rhodococcus sp. (strain AD45) (ID UP000032323), поскольку протеом Rhodococcus erythropolis R138 избыточен по отношению к протеому Rhodococcus sp. AQ5-07, а тот в свою очередь входит в панпротеом Rhodococcus sp. (strain AD45). В качестве сравнительного - референсный протеом Rhodococcus fascians (ID UP000076038), так как это единственный патогенный вид рода Rhodococcus. Протеомы скачивались с помощью команд:

• 'wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000032323)' -O UP000032323.swiss.gz'
• 'wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000076038)' -O UP000076038.swiss.gz'

СРАВНЕНИЕ ПРОТЕОМОВ ПО ПРЕДСТАВЛЕННОСТИ ОПРЕДЕЛЕННЫХ ГРУПП БЕЛКОВ

В результате сравнения двух протеомов на предмет представленности определенных групп белков получили следующую таблицу:

Представленность определенных групп белков в протеомах Rhodococcus sp. (strain AD45) и Rhodococcus fascians.
	Rhodococcus sp. (strain AD45)	Rhodococcus fascians
Трансмембранные белки	1195 (19,07%)	1063 (21,39%)
Ферменты	2715 (43,32%)	2153 (43,33%)
Трансферазы	704 (11,26%)	605 (12,17%)
Всего:	6266	4968

Трансферазы играют роль в биосинтезе цитокинина, что обеспечивает вирулентность Rhodococcus fascians, потому предполагается, что их доля для данного вида выше, что и видно из таблицы.

Для поиска были использованы следующие команды:

• zcat UP000032323.swiss.gz | grep 'KW' | grep 'Transmembrane {' | wc -l | less
• zcat UP000032323.swiss.gz | grep 'KW' | grep 'Oxidoreductase {' | wc -l | less
• zcat UP000032323.swiss.gz | grep 'KW' | grep 'Transferase {' | wc -l | less
• zcat UP000032323.swiss.gz | grep 'KW' | grep 'Hydrolase {' | wc -l | less
• zcat UP000032323.swiss.gz | grep 'KW' | grep 'Lyase {' | wc -l | less
• zcat UP000032323.swiss.gz | grep 'KW' | grep 'Ligase {' | wc -l | less
• zcat UP000032323.swiss.gz | grep 'KW' | grep 'Translocase {' | wc -l | less

Для UP000076038.swiss.gz команды аналогичны.

СРАВНЕНИЕ ПРОТЕОМОВ ПО N-КОНЦЕВОЙ АМИНОКИСЛОТЕ

Для сравнения протеомов были использованы следующие команды:

• zcat UP000032323.swiss.gz | grep -A1 'SQ ' | grep ' M' | wc -l | less
• zcat UP000032323.swiss.gz | grep -A1 'INIT_MET' | less

После того, как 1 команда не показала различий с общим количеством белков (все белки начинаются с метионина), применение 2 команды позволило узнать у скольки белков удален N-концевой метионин при посттрансляционной модификации. У Rhodococcus sp. (strain AD45) это 1-гидрокси-2-глутатионил-2-метил-3-бутен дегидрогеназа и глутамин-фруктозо-6-фосфат аминотрансфераза. У Rhodococcus fascians это глутамин-фруктозо-6-фосфат аминотрансфераза.