ПРАКТИКУМ 7
Петрова Анастасия
C помощью запроса '(taxonomy_id:1833)' найдем все белки Rhodococcus erythropolis. Одним из белков с annotation score 5/5 является ациламидаза (ID AAM_RHOER). Возьмем ее. Ациламидаза Rhodococcus Erythropolis представляет собой амидазу с широкой субстратной специфичностью, катализирующая гидролиз широкого спектра N-замещенных амидов и, в меньшей степени, гидролиз незамещенных амидов. N-Замещенные амиды широко используются в производстве полимеров, лекарств, питательных веществ и т.д., потому ее изучение может быть перспективным.
3D-структура белка,предсказанная AlphaFold
Как видно на изображении, кластеры с 90% и 50% схожести достаточно крупны (52 и 268 белков соответственно), поскольку род Rhodococcus известен вариативностью метаболизма.
Размер кластеров с 90% и 50% схожести
С помощью расширенного поиска UniProt была получена следующая информация:
В ПОРЯДКЕ CORYNEBACTERIALES 2 БЕЛКА АЦИЛАМИДАЗЫ, ЗАПИСИ КОТОРЫХ БЫЛИ ПРОВЕРЕНЫ ВРУЧНУЮ
Поисковый запрос №1('(protein_name:Acylamidase) AND (taxonomy_id:85007) AND (reviewed:true)')
Белки метаболизма амидов из порядка Corynebacteriales до сих пор малоизучены
СУЩЕСТВУЕТ 14 ЗАПИСЕЙ БЕЛКОВ БАКТЕРИЙ С АРИЛ-АЦИЛАМИДАЗНОЙ АКТИВНОСТЬЮ, ПРИНАДЛЕЖАЩИХ К БЕЛКОВОМУ СЕМЕЙСТВУ АМИДАЗ
Поисковый запрос №2('(ec:3.5.1.13) AND (family:"amidase family") AND (taxonomy_id:2)')
Семейство амидаз представляет собой малую часть белков с арил-ациламидазной активностью
ДЛЯ ФИЛУМА ACTINOMYCETOTA СУЩЕСТВУЕТ 5 ПРОВЕРЕННЫХ ВРУЧНУЮ ЗАПИСЕЙ БЕЛКОВ, С ВЫРЕЗАННЫМ N-МЕТИОНИНОМ И КАТАЛИТИЧЕСКОЙ ТРИАДОЙ В АКТИВНОМ ЦЕНТРЕ
Поисковый запрос №3('(taxonomy_id:201174) AND (ft_init_met:Removed) AND (ft_act_site:"Charge relay system")')
Все эти белки - ферменты с гидролазной активностью, в которой принимает участие каталитическая триада