Выводы
Укоренение всех деревьев проводилось по ветви, содержащей представителей сем. Фазановых (MELGA, CHICK. FRAFR).
Во-первых, следует сказать, что дерево по таксономии изначально было сильно неразрешенным (много полихотомий) и программы, естественно, справились с их разрешением.
Судя по дихотомичным кладам, отличий от изначального дерева у всех деревьем нет, за исключением того, что у дерева, построенного с помощью FastMe MTrev, есть ветвь, обращенная назад (вероятно, ошибка работы программы).
Также следует отметить, что iqtree не стал выделять Apus apus и Grus nigricollis в одну кладу, а сделал ветвь с Apus более базальной.
В целом, все деревья выглядят логичными.