Выводы
Во-первых, следует сказать, что мт-геном части организмов найден не был. Поэтому были взяты организмы других видов из тех же родов (в скобочках -- мнемоники старых).
Также следует отметить, что при укоренении клада, содержащая Apus apus, Grus nigricollis и Asio flammeus, стала менее базальной. К слову, топология стала похожа на ту, которая была при построении деревьев, построенных по последовательностям CYT B - там я укоренял в ветвь, ведущую в кладу, содержащую представителей Phasianidae (Фазановые).
Укоренял деревья по последовательности 12s рРНК Dromaius novaehollandiae -- Эму.. Этот вид хорошо подходит как базальный -- эта птица относится к Бескилевым, тогда как все остальные в данном наборе -- Новонёбные.
Говоря о дереве, построенном с репликами бутстрепа, следует упомянуть, что наименьшую поддержку имеет ветвь, ведущая в кладу, содержащую Apus apus, Grus nigricollis и Asio flammeus. Это можно объяснить тем, что в дереве, построенном по таксономии, GRUNI и APUAP были единственными листьями на своем ветке неразрешенного дерева, а ASIFL вообще принадлежал к отдельной кладе. То есть по таксономии они изначально относительно далеки, а дерево с репликами строилось лишь по последовательностям 12s рРНК, что вообще может не отражать истинную таксономию. К тому же значение поддержки в 73 можно оценить как умеренное, а не как очень достоверное.
Остальные же клады, судя по уровню поддержки ветвей, выглядят весьма достоверно.