select all 
color cpk 
color translucent #Создаем прозрачность всего белка, для наилучшей видимости лигандов.
select Na #Выбираем ионы натрия, т.к. в белке ClpQ они являются лигандами.
cpk 300 
background [240,240,240] 
color translucent 0 #Делаем нулевую прозрачность для ионов натрия.
zoom -45 # Делаем оптимальное увеличение.
pause 
restrict (164:A or 167:A or 170:A or Na:A ) #Выбираем и выводим только атомы, принадлежащие тем остаткам,
#которые взаимодействуют с лигандом в цепи А белка ClpQ, а также сам лиганд (ион натрия).
centre *A.Na #Центруем изображение именно на ионе натрия, т.к. мы изучаем именно его взаимодействие с белком. 
zoom +1450 
wireframe 50 
cartoons off 
color translucent 0 
cpk 60 
rotate X 40 
rotate Y 20