select all
wireframe on
cartoon off
cpk 50
color cpk
background [240,240,240] 
zoom 190 # Первичная настройка изображения вцелом.
select backbone
color red # Закрасили сахарофосфатный остов красным
select not backbone
color blue # закрасили всё, что не сахарофосфатный остов (а в нашем случае это азотитые основания) синим
select (not backbone) and A
color green
wireframe 20 # Выделим все аденины зеленым и сделаем связи побольше
select [G]*:*.N7
cpk 80
color violet # атом N7 во всех гуанинах
select [G]1:*.N7 or  [G]10:*.N7 or [G]21:*.N7 or [G]40:*.N7
cpk 80
color orange #атом N7 только в первом по последовательности гуанине 
write image 1000 1000 png fig_1_gatc-a.png
rotate X 40 
rotate Y 20 
zoom 100
write image 1000 1000 png fig_2_gatc-a.png
rotate X -40 
rotate Y -20 
rotate X 90
zoom 100
write image 1000 1000 png fig_3_gatc-a.png