Множественное выравнивание.

Результаты упражнений

  1. Выбранные гомологичные последовательности

  2. Выравнивание с помощью программы emma

  3. Выравнивание с помощью программы muscle

  4. Матрица попарного совпадения последовательностей, получена на основе множественного выравнивания с помощью программы GeneDoc

  5. Сравнение 2-х множественных выравниваний

  6. Сравнение оптимального попарного выравнивания последовательностей PYRD_BUCAP и PYRD_ANADF с их попарным выравниванием, порожденным множественным выравниванием

    Команда infoalign

    Выходной файл программы

    В качестве входных данных подается файл с множественным выравниванием. Программа infoalign количественные характеристики для каждой последовательности из множественного выравнивания. Причем сравнивает каждую выровненную с заданной (по умолчанию,обладающей самыми средними характеристиками.)

    Cравнение проводиться по таким параметрам как:
    -длина последовательности
    -длина выровненной последовательности
    -количество гэпов
    -количество идентичных и схожих колонок.
    -вес
    Главная страница Первый семестр Второй семестр


    ©Петрова Светлана,2007