Выполнение:
Для нахождения третьей последовательности на вход BLASTp был дан участок 230-264:F
из файла Porins_6.fasta. При таком запросе хитов найдено небыло
(кроме самой поданной последовательности). Поэтому поиск был ограничен следующими параметрами:
Database -swissprot (как в запросе и до этого) , Organism- bacteria ,Entrez Query -porins.Cузив таким образом
область поиска, мы уменьшили вероятность "пропускания" хитов , которя обуславливается
алгоритмом работы BLAST.
При этом первая находка идентична поданному фрагменту, а вторая является
фрагментом цепочки Е ,также из файла Porins_6.fasta.
Третья находка имеет E-Value 2.5 ,Identities = 10/28 (35%),
Positives = 15/28 (53%), Gaps = 0/28 (0%)
Эта находка интересна тем, что является выравненной не со всем поданным фрагментом,
а лишь с его участком (без "начала").Выравнивание этих последовательностей ,
сделанной мною выглядит так.
И оно довольно отличается от выравнивания BLAST, т.к. выровняла найденный участок,
начиная с начала фрагмента F ,ориентируясь на биологически сходные позиции.
Четвертая находка имеет E-Value= 5.2, Identities = 13/42 (30%),
Positives = 19/42 (45%), Gaps = 8/42 (19%).
Эта находка отличается от предыдущей во-первых большим E-Value , т.е является
более далекой, относительно данной, а во- вторых ее длина и длина поданного на вход
фрагмента примерно схожи. Результат ее выравнивания с 2мя другими данными поринами
выглядит так.
При этом выравнивание было построено ориентируясь, в основном, на абсолютно
консервативные позиции, остальнае располагались относительно консервативных
по принципу "как уж получается". И в итоге, такое выравнивание почти ничем не
отличается от построенного BLAST .
Таким образом, если исходя из первого выравнивания можно делать выводы о структуре найденной последовательности , с больше или меньшей вероятностью, то во втором случае делать это практически невозможно.
Главная страница Первый семестр Второй семестр
©Петрова Светлана,2007