Блок последовательностей, выделенных розовым - выравнивание программой Емма (пакет EMBOSS,выполняющей алгоритм программы ClustalW), блок выделенный зеленым - выравнивание программы Muscle (не являющейся приложением EMBOSS).
Колонки консервативные на 100% выделены красным, консервативные на 70 % - синим.
Замечания:
Колонок консервативных на 100% - 79
Колонок консервативных на 70% -68
В выравнивании легко заметить консервативные фрагменты области 95-107 , 115-123,180-190 позиций.
До 35 позиции -одинаково. На 35 позиции Мuscle ставит гэп в последовательности Pyrd_Anadf , за счет чего получаем на 38 позиции колонку с 70% консервативности .( Которой нет у Емма).Но за счет этого гэпа последовательность Pyrd_Anadf сдвигается на 1 позицию и тогда что бы выравнять колонку G 100% (аналогичную 51 позиции , выравнивания Емма), остальным 7 последовательностям необходимо "догнать" этот сдвиг. Muscle делает это расставляя гэпы на 45 позиции в остальных 7 последовательностях.
И этот сдвиг выравнивания Мuscle относительно Емма сохраняется на протяжении Всего выравнивания.
Нахождение программой Мuscle еще одной консервативной колонки, позволяет сделать вывод о том, что это выравнивание несколько более качественное.
Главная страница Первый семестр Второй семестр
©Петрова Светлана,2007