Попарное выравнивание порожденное множественным выравнивание Emma и Muscle, отличает ровно на 1 сдвиг (о котором описано при сравнение этих множественных выравниваний).

Выравнивание программой Needle сдвинуто относительно выравниваний Emma и Muscle на 3 позиции левее, т.к. в парных выравниваниях вычлененных из множественных в начале находятся гэпы (функциональность которых видна только при рассмотрении множественного выравнивания из всех последовательностей по которым оно было построено).

При этом все сдвиги сохраняются на протяжении всего выравнивания.Но даже не принимая эти сдвиги во внимание можно найти другие различия в выравниваниях, которые описанны ниже.

Наиболее интересен участок 20 -45:

В парных выравнивания, поражденных множественными на 30 позиции видим выравненную колонку L аминокислоты. При этом Needle не выравнивает этот лизин (находящийся на тех же аминокислотных позициях в последовательности )между собой, т.к ставит гэпы на 24- 25 позиции. За то эти гэпы дают возможность выравнять пару "LR" , находящуюся на 37-38 позиция.

При этом выравнивание пары LR отсутствует в парных выравниваниях порожденных множественными.

Хотя есть выравненная" L" Muscle , но при этом стоит отметить, лизин стоит на позиции, отличной той с которой выравнял Needle. (Т.е "L" в Pyrd_Buca выровнян с "L" в Pyrd_Anadf, стоящим на 2 позиции ранее, чем тот "L" , с которым выравнял Needl) И есть выравнивание "R" Emma, но опять таки "R" в Pyrd_Buca выровнен с "R" в Pyrd_Anadf, стоящим на 1 позиции ранее, чем тот R , с которым выравнял Needl)

B похожий случай на 37 позиции , при выравнивании "P". Поскольку Pyrd_Anadf имеет 2 пролина подарят, то происходит следующее расхождение: Needle Emma выравнивают "P" Pyrd_Buca cо "вторым" пролином Pyrd_Anadf ,а Muscle с первым.

Главная страница Первый семестр Второй семестр