Базы последовательностей белков

 

1. Идентефикаторы записей белка в разных БД


Uniprot ID C1DWK1_SULAA
Uniprot AC C1DWK1
Uniref50 UniRef50_C1DWK1
RefSeq Proteins YP_002729488.1
NC_012438.1
PDB нет
 
Запсь белка в БД Uniprot  

2. История записи белка в БД Uniprot


Впервые запись данного белка появилась в БД TrEMBL 26.05.2009, и назывался тогда белок C1DWK1_9AQUI. И только когда запись редактировали 07.07.2009 Uniprot ID белка стал современным - C1DWK1_SULAA. Последняя редакция записи (51-я по счёту) была выложена в БД TrEMBL 11.03.2015 .
 
Скрин, показывающий смену Uniprot ID:

Также на этом скриншоте можно увидеть, как разительно поменялось описание белка в записи. Кстати, можно заметить казус с датами: открыв запись белка в Uniprot => History => Previous versions в столбце Release преставлены даты выпуска конкретной редакции записи, приведённые мной выше. Но на этом скриншоте проставлены даты, отличающиеся от этих на несколько дней! Как быть? На мой взгляд, на скриншоте представлены даты, когда записи белка были готовы, а в столбце Release - даты, когда эти записи появились в БД TrEMBL.
 
На этом скриншоте показано, как в запись были добавлены различные комментарии по работе фермента, его кофакторе, и так далее:

 
Ну и, конечно же, были добавлены ссылки на другие БД:

 

3. Сравнение записей данного белка с его гомологами


Для наглядного сравнения записей белков я составил таблицу:
Uniprot ID Protein name Organism Length Features PDB Catalytic activity
C1DWK1_SULAA ATP-dependent dethiobiotin synthetase Sulfurihydrogenibium azorense (strain Az-Fu1 / DSM 15241 / OCM 825) 217 Binding site (3); Metal binding (3) No ATP + 7,8-diaminononanoate + CO2 = ADP + phosphate + dethiobiotin
C4FK36_9AQUI ATP-dependent dethiobiotin synthetase Sulfurihydrogenibium yellowstonense SS-5 217 Binding site (2); Metal binding (3); Nucleotide binding (1) No ATP + 7,8-diaminononanoate + CO2 = ADP + phosphate + dethiobiotin
B2V9Z6_SULSY ATP-dependent dethiobiotin synthetase Sulfurihydrogenibium sp. (strain YO3AOP1) 217 Binding site (2); Metal binding (3); Nucleotide binding (1) No ATP + 7,8-diaminononanoate + CO2 = ADP + phosphate + dethiobiotin
BIOD1_ECOLI ATP-dependent dethiobiotin synthetase Escherichia coli (strain K12) 225 Beta strand (14); Binding site (3); Chain (1); Helix (10); Initiator methionine (1); Metal binding (4); Mutagenesis (5); Nucleotide binding (4); Sequence conflict (3); Turn (1) 1A82; 1BS1; 1BYI; 1DAD; 1DAE; 1DAF; 1DAG; 1DAH; 1DAI; 1DAK; 1DAM; 1DBS; 1DTS ATP + 7,8-diaminononanoate + CO2 = ADP + phosphate + dethiobiotin

 
Таблица в формате Excel
 

4. Особенности записи белка


В записи белка дана информация по ионам Mg2+ и а.о., связанным с ними:
 
FT METAL 17 17 Magnesium 2. {ECO:0000256|HAMAP-
FT Rule:MF_00336}.
FT METAL 50 50 Magnesium 2. {ECO:0000256|HAMAP-
FT Rule:MF_00336}.
FT METAL 109 109 Magnesium 2. {ECO:0000256|HAMAP-
FT Rule:MF_00336}.
 
 
Главная страница

 

© Головачев Ярослав c1dwk1 OR c4fk36 OR b2v9z6