|
1. Запустить скрипт: 2. Продолжить исполнение скрипта:
Скрипт для задания 1. |
Гидрофобное ядро содержит 410 атомов. Всего же атомов в белке - 1692. Таким образом,
процент атомов, являющихся членами гидрофобного ядра, по отношению ко всем атомам белка - 24,23%
По результатам выполнения скрипта из задания №2 видно, что атомы, находящиеся
на расстоянии в 5 ангстрем, своими ван-дер-ваальсовыми радиусами закрывают аминокислотный
остаток фенилаланина 76 чуть менее, чем полностью.
Также именно эти 5 ангстрем являются
характерным расстоянием между атомами соседних аминокислотных остатков в белке.
Ван-дер-ваальсовский радиус атома кислорода ~ 1,4 ангстрема, что примерно равно ван-дер-ваальсовскому радиусу воды.
Соответственно, диаметр молекулы воды ~ 2,8 ангстрем, что меньше 5 (характерное расстояние между
атомами (центрами атомов) соседних а.о.). Однако надо принять во внимание то, что атомы, расстояние между которыми
мы считпем, также имеют свои ван-дер-ваальсовские радиусы. Так, например, между поверхностей двух атомов
углерода (в.-д.-в. радиус = 1,85 ангстрема) остаётся всего 5-1,85*2=1,3 ангстрема, и молекула воды туда поместиться
не может. Если даже взять самые маленькие атомы (кислород - 1,4 ангстрема), то расстояние между
поверхностей двух атомов будет 5-1,4*2=2,2 ангстрема, и молекула воды там всё равно не поместится.
Первое изображение, выдаваемое скриптом - фрагмент белка и ДНК в картонной модели
и покрашенные по структуре. Второе - ДНК в модели ван-дер-ваальсовых радиусов, а белок -
в остовной модели, совместно с которой показаны радикалы а.о., взаимодействующих с ДНК.
Существует много причин, по которым белок взаимодействует с ДНК. Можо вспомнить о гистонах,
транскрипционных факторах, и так далее. Но конкретно мой белок - РНК-полимераза фага Т7 -
связывается с ДНК для синтеза РНК.
Главная страница