Водородные связи. Подвижность белка

 

1. Запустить скрипт:

2. Продолжить исполнение скрипта:

Скрипт для задания 1.
Скрипт для задания 2.

Jmol output:

 

Задание 1

ДНК образует с белком 25 водородных связей. Водородные связи между белком и ДНК образуются по разным причинам, например, для заякоревания белка на цепи ДНК.
 

Задание 2

У белка всего две альфа-спирали, поэтому для выполнения задания я взял только две аминокислоты из этих спиралей и проводил замеры для пяти аминокислот, а не шести.
Также, указывая максимальные расстояния между исследуемыми атомами, я округлял значения расстояний в сторону уменьшения, поскольку, на мой взгляд, лучше указать значения, которые немного меньше действительных, чем те, которые больше и поэтому не существуют.
Из замеров можно сделать вывод, чтоальфа-атомы углерода аминокислотных остатков малоподвижны, незначительно меняют своё положение в пространстве. В свою очередь, далёкие от остова атомы радикалов а.о. обладают высокой подвижностью. Что логично - от положения альфа-атомов углерода зависит общая конформация белка, поэтому они не могут сильно менять своё положение. Далёкие же от остова атомы высокоподвижны, случайно или функционально.  
 
 
Главная страница

 

© Головачев Ярослав