Поиск в базах данных

Тема 2. Белки, содержащие пирролизин

Среди предложенных для выполнения тем я выбрал тему белков, содержащих пирролизин. Нестандартная протеиногенная аминокислота, интересно же.

Пирролизин - аминокислота, которая является производным аминокислоты лизина, кодируется кодоном UAG, в обычном состоянии - нонсенс-кодоном. Однако он используется реже, чем другие стоп-кодоны, и за ним обычно следуют коллеги.

Пирролизин

Uniprot

Первый мой запрос ("pyrrolysine") дал 1705 результатов поиска, среди которых варианты вроде "Pyrrolysine--tRNA ligase". Не то, что мне нужно.
Следующий запрос ("diversity pyrrolysine") дал уже 94 результата. Но всё равно среди них были ненужные мне.
Третьим вопросом я обратился к полю Features искомых записей ("annotation:(type:non_std pyrrolysine)"). Ключ "non_std" означает "non-standart amino acid". Этот запрос дал 90 результатов, и все - искомый результат.

Белки, содержащие пирролизин (таблица)

Если считать белки с похожим названием за один, то получается 22 белка, из которых 19 белков - неаннотированные, а остальные 3 - аннотированные.
Белки, содержащие пирролизин, встречаются у бактерий и архей. Причём лишь 8 записей из 90 относились к бактериям, остальные - к археям.

Pubmed

Первый запрос ("pyrrolysine") дал 135 результатов. Многие были весьма интересные, например, в ответ на этот запрос нашлась статья "Low energy conformations and gas-phase acidity and basicity of pyrrolysine".
Информацию о кодонt, которым закодирован пирролизин, я нашёл в статье Reducing the genetic code induces massive rearrangement of the proteome.

PDB

Для того, чтобы узнать, сколько белков, содержащих пирролизин, имеют трёхмерные структуры, мне не понадобилось пользоваться базой данных PDB. Достаточно было просто посмотреть в таблицу, составленную ранее. Итого, имеется 5 трёхмерных структур белка Monomethylamine methyltransferase MtmB (UniprotID: MTMB1_METBA; AC: O30642): 1L2Q, 1NTH, 1TV2, 1TV3, 1TV4.

Главная страница