Укоренение и бутстрэп

Задание 1.

Выбранные для работы бактерии:

Название	Мнемоника
Bradyrhizobium diazoefficiens	BRADU
Rhizobium etli	RHIEC
Neisseria meningitidis	NEIMA
Enterobacter sp. 638	ENT38
Erwinia tasmaniensis	ERWT9
Escherichia coli	ECOLI
Vibrio fischeri	VIBFM
Proteus mirabilis	PROMH

Филогенетическое дерево, построенное с помощью программы MEGA.

Филогенетическое дерево данных организмов было реконструировано с использованием метода Neighbor Joining Using % Identity в программе JalView по выравниванию белковых последовательностей данных организмов.

Филогенетическое дерево, построенное с помощью метода Neighbor Joining Using % Identity.

На рисунке видно, что дерево неукоренённое (метод Neighbor Joining строит именно такие). Поэтому, чтобы укоренить дерево в среднюю точку, использовалась программа retree пакета PHYLIP.

Филогенетическое дерево, укоренённое в среднюю точку программой retree пакета PHYLIP.

Филогенетическое дерево, укоренённое в среднюю точку программой retree пакета PHYLIP.

Видно, что дерево, укоренённое retree, не отличается от такового, построенного программой MEGA.

Задание 2.

Деревья, полученные методом максимальной экономии, невозможно укоренить в среднюю точку, поскольку этот метод предполагает использование молекулярных часов. Однако можно воспользоваться методом укоренения с использованием внешней группы. В данном случае роль внешней группы выполняла последовательность белка бактерии Bacillus subtilis. С использовании инструкции на сайте было получено изображение укоренённого дерева.

Филогенетическое дерево, укоренённое с использованием внешней группы.

Выравнивание с добавленной последовательностью белка бактерии Bacillus subtilis.

Задание 3.

Для проведения бутстрэп-анализа был использован метод MP (дерево реконструировалось по выравниванию из Задания 2, с добавленной последовательностью белка бактерии Bacillus subtilis). Количество бутстрэп-реплик - 100. Программа MEGA выдала три дерева: два "Original tree" и одно "Bootstrap consensus tree". Точно так же, как в Задании 2, в качестве корневой во всех деревьях была указана ветвь, ведущая к BACSU, после чего были получены изображения деревьев без внешней группы (BACSU). Данные изображения можно увидеть ниже.

Original tree №1.

Original tree №2

Bootstrap consensus tree.

Видно, что Original tree №2 и Bootstrap consensus tree совпадают. Также видно, что эти два дерева более вероятны, поскольку ветвь, выделяющая кладу, содержащую ERWT9 и ENT38, имеет большую бутстрэп-поддержку, чем ветвь, выделяющую кладу, содержащую ERWT9 и ECOLI.

Ссылка на главную страницу