Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG.

Задание 1.

Для выполнения упражнений я выбрал метаболический путь биосинтеза лизина, реакцию с ЕС-кодом 1.2.1.31 - превращение 5-аденил-2-аминоадипата в α-аминоадипоил-S-ацил.

Рис. 1. Метаболический путь биосинтеза лизина.

Эту реакцию катализируют два ортологических ряда белков: K00143 и K14085, содержащие по 103 и 117 белков соответственно.
Выравнивание последовательностей белков можно увидеть в проекте JalView.

Гомологичность белков в выравнивании.

Белки из обоих ортолигических рядов очень плохо выровнены между собой. Кроме того, белки второго ортологического ряда сильно короче белков первого ряда. Некоторые участки выровнены хорошо, при этом присутствуют у белков обоих рядов, так что можно говорить о гомологичности участков, но никак не белков.

Рис. 2. Участок выравнивания белков двух ортологических рядов.

Проверка выравнивания.

Последовательностей, совсем плохо выровненных с остальными, найдено не было. Возможно, на эту роль может претендовать последовательность C7ZKS8_NECH7 из ортологического ряда К00143, которая плохо выровнена с остальными белками этого ряда в первой половине последовательности.
Короткие белки, которые содержат много гэпов в тех участках, где в других последовательностях выравнивания консервативные колонки, были найдены. Таких последовательностей оказалось 7 в ортологическом ряду К00143: C5MF38_CANTT, A9US27_MONBE, A8PSD0_MALGO, E9EM15_METRA, F0ZCR4_DICPU, F8P2A0_SERL9, M7SQR7_EUTLA; и 5 в ряду К14085: B6TPU3_MAIZE, B9TE04_RICCO, B9T896_RICCO, I3L670_PIG, R7SL24_DICSQ. Данные последовательности были удалены из выравнивания.

Филогенетическое дерево по данным последовательностям я строить не стал, поскольку последовательности двух ортологических рядов явно не гомологичны между собой (блоки в выравнивании последовательностей двух рядов больше напоминают случайные совпадения).

Ссылка на главную страницу