Задание 1.

Для работы в данном практикуме мне был выдан объект с идентификатором S3283. В БД Gene на сайте NCBI я нашёл, что этому локусу в геноме соответствует ген ygiC организма Shigella flexneri 2a str. 2457T (ген некой синтетазы/амидазы, белок описан плохо). На сайте БД STRING по идентефикатору гена нашёл его описание (организм я указал Shigella flexneri). На странице гена в БД я нашёл описание отношений этого гена с другими (см. Рис. 1 и 2).

Рис. 1. Графическое изображение отношений гена ygiC с другими генами.

Рис. 2. Легенда для связей между генами.

Затем я першёл на страницу "Neighborhood", выбрал в качестве организма Shigella flexneri. На рисунке 3 можно увидеть его геномное окружение и окружение его 11 ортологов из близкородственных организмов.

Рис. 3. Геномное окружение гена ygiC (Shigella flexneri) и его ортологов из близкородственных организмов.

Видно, что у бактерий Moranella endobia и Riesia pediculicola такого гена нет вообще, у части поблизости есть гены ygiB (коричневый) и tolС (светло-зелёный), у остальных есть ещё и гены некой ADP-рибозопирофосфатазы и yqiB (тёмно-зелёный). Подобная картина наблюдается у всех Enterobacteriaceae, а соседство с геном ygiB наблюдается и у бактерий из дальних таксонов (Рис. 4).

Рис. 4. Геномное окружение гена ygiC и его ортологов из более дальних таксонов.

Задание 2.

В БД DOOR в геноме Shigella flexneri 2a str. 2457T я нашёл оперон 83892, в который входит ген ygiC. Помимо него в этот оперон входит ещё несколько генов (Таблица 1):

Таблица 1. Гены, входящие в состав оперона 83892.

Идентефикатор гена	Кодируемый белок
ygiB	hypothetical protein
tolC	outer membrane channel protein
ygiA	hypothetical protein
ygiC	putative synthetase/amidase

Видно, что DOOR в данном опероне нашла ген ygiA, которого не нашла БД STRING, но не нашла найденные STRING ADP-рибозопирофосфатазу и yqiB. Так произошло потому, что эти не найденные гены входят в состав другого, соседнего, оперона (83891).

Задание 3.

Попытавшись найти в БД KEGG информацию о гене ygiC я получил много результатов. Большинство результатов не представляют интереса, поскольку описывают некую предполагаемую синтетазу/амидазу. Однако среди результатов поиска по идентификатору гена ygiC попались описания неких глутатионспермидинсинтаз. Однако среди известных мне глутатионспермидинсинтаз, для которых указана их причастность к каким-то метаболическим путям (а именно, к пути метаболизма глутатиона), имеют отношение к другим генам; ни одного фермента, относящегося именно к гену ygiC, среди них встречено не было.

Ссылка на главную страницу