Gene ontology

Задание 1. Отнесение белка детибиотинсинтазы из бактерии Sulfurihydrogenibium azorense Az-Fu1 к терминам GO

 

С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST обнаружил в БД GO белки, похожие на мой. Лучшая находка имела E-value 4.6e-34 и также являлась детибиотинсинтазой, только бактерии Geobacter sulfurreducens PCA.
 


Рис. 1. Первые несколько находок выдачи BLAST.
 
С помощью сервиса NCBI Taxonomy сравнил систематические положения этих бактерий.
 
Sulfurihydrogenibium azorense:
cellular organisms; Bacteria; Aquificae; Aquificae; Aquificales; Hydrogenothermaceae; Sulfurihydrogenibium; Sulfurihydrogenibium azorense
 
Geobacter sulfurreducens PCA:
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; delta/epsilon subdivisions; Deltaproteobacteria; Desulfuromonadales; Geobacteraceae; Geobacter; Geobacter sulfurreducens
 
Видно, что таксономические различия между этими двумя организмами довольно велики: уже на уровне ниже домена они отличаются друг от друга.
При анализе выравнивания деибиотинсинтаз этих бактерий выяснилось, что процент идентичных аминокислотных остатков составляет 40%, а сходных - 59%. Сходные аминокислотные остатки встречаются группами, что намекает, что эт не случайное сходство, а гомология. Исходя из этих данных, я считаю, что эти два белка (выполняющие одну и ту же функцию) являются одинаковыми.
 

Рис. 2. Выравнивание заданной в BLAST и лучшей найденной последовательностей.
 
Далее я перешёл на страницу с терминами GO, относящимися к белку-находке (см. таблицу далее).
 
Аспект Идентификатор GO Название термина Перевод названия термина Код типа достоверности
biological process GO:0009102 biotin biosynthetic process Синтез биотина ISS
molecular function GO:0004141 dethiobiotin synthase activity Детибиотинсинтазная активность ISS
 
Описание кода достоверности ISS:
 
Код типа достоверности Расшифровка кода типа достоверности Объяснение
ISS Inferred from Sequence or structural Similarity Данный код присваивается в случае, когда анализ последовательности был проведен человеком вручную и в результате были получены доказательства достоверности отнесения объекта к терминам GO. ISS присваивается только тогда, когда анализ проводится несколькими разными методами. В противном случае, присваивается код типа достоверности одной из подкатегорий: ISA (подтверждение путем анализа выравнивания), ISO (подтвердение путем сравнения с ортологом), ISM (подтверждение путем моделирования последовательности).
 

Задание 2. Описание термина GO:0009102 (biotin biosynthetic process, биосинтез биотина).

 
Я перешёл по ссылке на термин biotin biosynthetic process и попал на страницу описания данного термина, где приведена характеризующая его информация. Определение термина, его идентификатор и другую информацию можно увидеть на таблице ниже:
 
Свойство Значение
Идентификатор (Accession) GO:0009102
Название (Name) biotin biosynthetic process, биосинтез биотина
Аспект онтологии (Ontology) biological process
Синонимы (Synonyms) biotin anabolism - анаболизм биотина
biotin biosynthesis - биосинтез биотина
biotin formation - формирование биотина
biotin synthesis - синтез биотина
vitamin B7 biosynthesis - биосинтез витамина В7
vitamin B7 biosynthetic process - процесс биосинтеза витамина В7
vitamin H biosynthesis - биосинтез витамина Н
vitamin H biosynthetic process - процесс биосинтеза витамина Н
Определение (Definition) Химические реакции и метаболические пути, приводящие к образованию биотина (цис-тетрагидро-2-оксотиено(3,4-d)имидазолин-4-валериановая кислота)
Комментарий (Comment) Нет
Число родителей (из них - логически определенных) 27 (24)
Число потомков (из них - логически определенных) 0 (0)
 
Затем, будучи на этой странице, я просмотрел вкладку Graph views и увидел граф, на котором вершина (eptk) - термин. У "моего" термина, как видно на рисунке 3, "детей" нет, зато много "родителей/предков". Все рёбра графа представлены отношениями "is a".
 

Рис. 3. Граф отношения термина GO:0009102(biotin biosynthetic process) к родителям.
 
 
 

Ссылка на главную страницу

© Головачев Ярослав