| Так же здесь отмечены вертикальные блоки буквой B, объединение. Самый длиный участок неимеющий явных признаков гомологии обозначен буквой Х. |
| При помощи окраски Blosom64 были выбраны вертикальные блоки (участки на которых можно ожидать гомологию) (при помощи окраски ClusterX также был участок, но при этой окраске сложнее найти участок, специфичный только для двух последовательностей) |
 |
 |
Поэтому предпочтение было отдано окраске BLOSOM64. С её помощью были выбраны две наиболее похожие последовательности. Были выбраны 2 участка: один при помощи ClustlX (он меньше и расположен слева), второй был выбран при помощи окраски BLOSOM62 и расположения гэпов.
Но и в первом, и во втором случае совпадение этих последовательностей 100% |
Задание 3 |
| Кластер |
| |
| Всего позиций | Абсолютно консервативных | Функционально консервативных | Абсолютно 70% | Функционально 70% |
| 34(126/160) | 7(33,3%) | 13(46,7%) | 9(60%) | 4(40) |
| Номера позиций | 126, 129, 145, 150, 153, 154, 155 | 126, 129, 130, 134, 145, 146, 150, 153, 154, 155, 156, 157, 160 | 134, 136, 142, 146, 148, 160
140, 141, 151, 158 |
|
| Для самого длинного не гомологичного участка процент гэпов составил: 31% |
| Заддание 4-6 |
| Далее я добавила 2 последовательности в общее выравнивание: гомологичную и не гомологичную (так как он оказался значиительно длинее я взяла не всю последовательность) |
| Гомологичная (выравнена в ручную) |
| |
| Не гомологична (выровнена вручную, гэпы вствлялись там же, где и у остальных последовательностей) |
|
| Также было выполнено выравнивание 5 не гомологичных выравниваниев |
| Было обнаружен 3 совпадения (0,61%): 25, 39, 44 |
| |
| Итог |
У любых последовательностей привыравнивание будут совпадение, так называемые случайные. Но при этом у не гомологичных невозиожно обнаружить блоки или кластеры
у них можно обнаружить только случайные совпадения |
| | |
|
