Задание 1 |
| Использованные комманды velveth chr10 31 fastq -short smt.fastq; velvetg chr10. Полученный файл: contigs.fa |
| Итог работы: в последнем графе 463 узлов и n50 of 248, max 1401, всего 35909, использованно 0/10526 чтений | |
Задание 2 |
| Использованные комманды: makeblastdb -in chr10.fasta -dbtype nucl; blastn -db chr10.fasta -query chr10/contigs.fa outfmt 7 -out itog.out
|
| Результаты:таблица Excel |
| Многие контиги выровнялись много раз на хромосому - до 9000 раз. |
| Видимо это повоторяющиеся элементы генома (к примеру контиг NODE_412_length_248_cov_17.955645). В правой таблице расположенны контиги, которые выровнялись только один раз. |
| Поскольку были получены данные только о некоторых кодирующих последовательностях, здесь присутствуют и большие разрывы между такими контигами (в готовых мРНК нет интронов). |
|
|
|