Задание 1 |
| Выбранный организм | Felis catus (кот домашний) |
| Число сборок | 2 |
| Число проектов | 2 |
|
| Name | Breed | Reads |
| Pixel | Burmese | 331,813 |
| Zeelie | Persian | 298,332 |
| Tipper | Cornish Rex | 272,607 | sex female
isolate Cinnamon
breed Abyssinian
| Scooter | Ragdoll | 298,409 |
| Speedy | Domestic Shorthair | 310,364 |
| Cocoa | Siamese | 293,712 |
| Felix | African wild cat | 1,373,060 |
| Cinnamon | Abyssinian | 8,186,934 |
|
| Число контиг/скэффолдов: 604,920 / 104,434 | |
| Самый длинный контиг | 162.575.314 |
| Самый короткий контиг | 34,836,411 |
| N 50 | 4,577 |
| L 50 | 122,526 |
| Проект: | Felis catus, the domestic cat, provides several valuable models for infectious disease, including a model for human AIDS.
With a large number of recognized breeds, the cat is also a valuable resource for studying phenotypic diversity and evolution.
The cat genome will further facilitate research in human medicine as some rare diseases that occur in humans also occur in this popular pet.
The Felis catus diploid genome is organized in 18 pairs of autosomes and two sex chromosomes |
| Ссылка на | таблицу |
|
| контиг |
Задание 2 |
| контиг |
Задание 3 |
| 1) LTR - длинные концевые повторы. |
| 2) regulatory – участок последовательности, участвующий в регуляции транскрипции/трансляции. |
| 3) exon - область генома, кодирующая часть сплайсированной мРНК, рРНК и тРНК. |
| 4) ncRNA - ген некодирующей РНК (нкРНК). |
| 5)misc_binding - участок нуклеиновой кислоты, который ковалентно или нековалентно связывается с некоторой ни белковой молекулой, ни праймером. |
| 6) mobile_element - участок генома, содержащий подвижные элементы. |
| 7) modified_base - данный нуклеотид является модифицированным, (модификация - в "mod_base"). |
| 8) operon - оперон |
| 9) exon - область генома, кодирующая часть сплайсированной мРНК, рРНК и тРНК. |
| 10) tmRNA - транспортная РНК. |
Задание 4 |
| Было проведен поиск гомологичных последовательностей при помощи BLASTn. В результате была обнаруженна последовательность Psolus phantapus isolate B histone H3 (H3) gene, partial cds с totalscore=499 и идентичеостью 96%, связи с чем было предположенно, что у меня была именно эта последовательность. |
 |
| В результате выравнивания в jalvew совпали все определенные нуклеотиды, за исключением нуклеотидов T и С в позиции 225. |
| | |
|
|
