Построение филогенетического дерева


Задание 1

Название домена:Death domain
AC:PF00531
ID:MATH
Функции:Участвует в процессах регулирования
Число архитектур:762
Число последовательностей:4426
Число видов:241
Известные структуры:85
Cписок архитектур: ссылка
Выбранные архитектуры
Полученные файлы: таблица, выранивание, Дерево
В качестве таксона было выбрано: Eukaryota, Chordat, Vertebrata, в качестве подтаксонов: archelosauria и mammalia
Выбранные последовательности были снабжены дополнительными идентификаторами: номером архитектуры (1 или 2) и буквами таксона
1b - представители archelosauria, обладающие первой архитектурой
2b - представители archelosauria, обладающие второй архитектурой
1m - представители mammalia, обладающие первой архитектурой
2m - представители mammalia, обладающие второй архитектурой
Выравнивание было разбито по архитектурам и, в целом, получиось на мой взгляд достаточно консервативным.
Полученное дерево:
nwk
Где синим выделенны монофилитические ветви archelosauria, оранжевым - mammalia, зеленым - спорные.
в полученном дереве есть как и монофилитические группы, так и смешанные. Похоже, что несмотря на то, чтo archelosauria и mammalia являются довольно близко расположенными таксонами, все же ключевые этапы в развитии произошли еше до разделения на подтаксоны (монофилитические ветви), хотя все же имеются и общие унаследованые черты (смешанные ветви)

Четвертый семестр

Главная страница


© Полина Николаева 2014.