работа с KEGG Orthology |
Задание 1 |
| LsrR Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 регулирует транскрипцию генов. In the absence of autoinducer 2 (AI-2), represses transcription of the lsrACDBFG operon and its own transcription. In the presence of AI-2, LsrR is inactivated by binding phospho-AI-2, leading to the transcription of the lsr genes. | |
| Запускаеи meme со следующими параметрами | Длина мотива: 8-20 п.н. – 0 или 1 мотив на последовательность MEME ищет три мотива Мотив может располагаться на любой цепи ДНК |
| Logo | |
| E-value | 2.8e-057 |
| Длина | 20 |
| Информационное значение | 41.8 |
| PWM | |
| Информационное содержание показывает качество мотива. Его значение растет с увеличением числа консервативных позиций, при этом пропорционально длине мотива. Таблица PWM для каждоого варианта буквы (A, T, G, C) в позиции показывает логарифм некоторой величины. Эта величина равна сумме отношения наблюдаемой вероятности буквы в данной позиции на ожидаемую плюс так называемый псевдокаунт. Псевдокаунт – малое число, которое прибавляется ко всем отношениям, так как логарифм нуля не определен. Паттерн данного мотива: AATHWWWAAAWCATTTGTTC |
| Название ТФ | PsrA_Proteobacteria |
| P-value | 2.28e-01 |
| Наложение | 16 |
| Сдвиг | -4 |
| Цепочка | обратная |
 | |
| В целом некоторые сходства прослеживаются, хотя изаметны некоторые различия. Файл pwm | |
| Сервис FIMO сканирует БД последовательностей в поисках совпадений с входным мотивом. Для нашего мотива из п. 1 был получен следующий список находок (поиск шел по геному нашей бактерии с ограничением по p-value < e-05): fimo.txt. В таблице 3 приведена информация о двух лучших из них, а также об еще одной, которая нам достаточно интересной. | |||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||
 |
|||||||||||||||||||||||||||
|
Четвертый семестр Главная страница |
|
© Полина Николаева 2014. |