Задание 1 |
| Для первого задания нужно было найти файл, с Occupancy меньше 1. Occupancy - это процент элементарных ячеек, в которых присутствует данный атом |
| в данной позиции, и может не равнятся 1 из-за того, что белка имеются альтернативные конформаций. Для поиска был использован Advanced Search со следующими параметрами |
| Experimental Method: X-Ray diffraсtion и Resolution: from 0 to 1. Из предложенных структур был выбран 5YCE. |
 |
| Рис 1, пример с альтернативными располжениями (33 и 67 %) в 5YCE. |
Задание 2 |
| Для следующего задания нужно было найти пример с нерасшифрованными аминокислотными остатками. Для поиска был использован Advanced Search со следующими параметрами: |
| X-Ray diffraсtion и Resolution: from 3 to 5, т.е. струкуры с очень низким разрешением. Была выбрана структура 6N62. |
 |
| Рис 2, пример не расшифрованных позиций в 6N62 |
| Кроме того, с PDB структурой белка связаны три последовательности: (1) последовательность природного белка из Uniprot; (2) последовательность белка, |
| который кристаллизовали - он может отличаться наличием тэгов, и быть частью природного белка, например, доменом; (3) та часть последовательности (2), |
| которую удалось кристаллизовать. Для следующего задания нужно было привести пример, в котором (1) и (2) не совпадают. Для этого был использован |
| (Advanced search с параметрами Experimental Method: X-Ray и Wild Type Protein - Include Expression Tags:Any и Percent coverage of Uniprot Sequence: |
| Any). Из всех структур был выбран 6CWS. Запись DBREF обеспечивает перекрестные ссылки между текущей последовательностью (прописанной в поле SEQRES) и |
| соответствующей последовательностью базы данных. |
 |
| Рис 3, 6CWS |