Задание 1

Для данного задания была выбрана структура 1DUP, использованная мною в предыдущих практикумах. Разрешение данной структуры - 2.38 А.
На рисунке 1 приведена данная структура, покрашенная в соответствии с записанной в pdb-файле информацией о вторичной структуре.
Изображение загружается...
Рис 1, Структурф 1DUP, покращенная в соотвествии со структурными элементами: зеленный - петли, желтый - бета-лист, красный - альфа-спираль.
Вторичная структура определялась с помощью программы Stride. Ниже приведена графическая выдача Stride.
Изображение загружается...
Далее далее было проведено сравнение границ всех элементов вторичной структуры, полученные программамой, с границами, данными PDB-файла.
1-5 изгиб
6-9 бета лист LYS A 3 LEU A 10
10-29 изолированый бета мост
30-35 бета лист LEU A 31 ALA A 35
36-40 поворот
41-43 бета лист VAL A 41 LEU A 43
44-46 поворот
47-56 бета-лист ASP A 47 HIS A 58
59-63 поврот
64-70 бета-лист SER A 63 LEU A 69
71 изгиб
72-78 альфа спираль SER A 72 HIS A 78
79 изгиб
80-82 бета лист GLY A 79 GLY A 83
83-86 поворот
87-89 бета лист GLY A 87 ILE A 89
90-95 изгиб
96-103 бета лист LEU A 97 ARG A 104
104-108 изгиб
109-111 бета лист PHE A 109 ILE A 111
112-114 поврот
115-124 бета-лист GLY A 114 VAL A 125
125-136 изгиб
В общих чертах видно, что количество альфа спиралей (1) и бета-листов (10) совподает в обоих случаях.
При этом границы альфа-спирали, представленную в pdb-файле одинаковые границы, и границы альфа-спираль определенный Stride, соввпаают.
Но для бета листов это не совсем верно: в 4 случаях из 10 границы сопадают полностью, в 2 случаях совпадает только одна из границ,
в остальных - не совпадают обе. Интересно, что при этом как правило наблюдается сдвиг на 1 а.к (исключение представляет только первый бета-лист).
Был рассмотрен редкий элемент - бета-мостик. Бета-мостик присутствует в выдаче Stride LEU 10 - ALA 29.

Седьмой семестр

Главная страница

© Полина Николаева 2014.