α-L-Fucosynthase. α-L-Fucosynthase относится к классу белков гликосинтаз, которые катализируют образование гликозидных связей. Гликосинтазы получаются из ферментов гликозидаз, которые катализируют гидролиз гликозидных связей [1]. Модель этого белка, визуализированного с помощью программы JMol, можно изучить в апплете, представленном ниже.
Ссылка на скрипт, последовательно показывающий данные изображения.
Водородная связь — форма ассоциации между электроотрицательным атомом и атомом водорода H, связанным ковалентно с другим электроотрицательным атомом. В качестве электроотрицательных атомов могут выступать N, O или F. Водородная связь в значительной мере определяет свойства и таких биологически важных веществ, как белки и нуклеиновые кислоты. В частности, элементы вторичной структуры (например, α-спирали, ß-тяжи) и третичной структуры в молекулах белков, РНК и ДНК стабилизированы водородными связями. В этих макромолекулах, водородные связи сцепляют части той же самой макромолекулы, заставляя её сворачиваться в определенную форму [2]. Водородная связь характеризуется длиной и углом между атомами N-O-C. В Таблице 1 представлена информация о некоторых водородных связях, стабилизирующих вторичную структуру α-L-Fucosynthase. Данные для таблицы были получены с помощью программы JMol [3].
| Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | |||
| # | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол между атомами N-O-C (°) |
| α-спирали | |||
| 1 | N(192SER)-O(189GLU) | 2.98 | 127.7 |
| 2 | N(436GLU)-O(432LYS) | 2.96 | 157.2 |
| 3 | N(28LYS)-O(24PHE) | 3.78 | 152.9 |
| ß-тяжи | |||
| 1 | N(382ARG)-O(379LYS) | 3.13 | 124.3 |
| 2 | N(121TYR)-O(29PHE) | 3.85 | 132.2 |
| 3 | N(320ASN)-O(280TRP) | 3.09 | 140.9 |
На основании данных из Таблицы 1 можно сделать вывод: чем больше расстояние между атомами, участвующими в образовании водородной связи, тем больше вероятность обнаружения более тупого угла между атомами N, C и O. Также интересен факт, что в данной выборке длина водродных связей в ß-тяжах больше, чем в α-спиралях.
| [1] Энциклопедическая статья о гликосинтазах. [2] Энциклопедическая статья о водородных связях. [3] Сайт, где можно скачать программу JMol. |