Для выполнения данного задания была скачана программа MarvinSketch, позволяющая пользователям быстро рисовать молекулы, используя базовые функции графического интерфейса и дополнительный функционал программы, например, шаблонные соединения, возможность добавления связей и различных функциональных групп.
Используя стандартные шаблоны MarvinSketch были изображены химические формулы следующих молекул:
2'-дезоксигуанозиндифосфат
2'-дезокситимидинмонофосфат
уридин
псевдоуридин
Результат этой работы показан на Рис. 1. Красным цветом выделены атомы, участвующие в образовании N-гликозидной связи. Цифрами отмечены атомы остатков азотичтых оснований и сахара, причем цифры без каких-либо пометок относятся к нумерации азотистых оснований, а со штрихами (') - к нумерации сахара.
![]() |
В данном задании с помощью программы MarvinSketch была визуализирована химическая структура фрагмента двухцепочеченой ДНК, продемонстрированная на Рис. 2. Стрелками показано направление цепей в ДНК, красным цветом отмечен сахаро-фосфатный остов. Каждое азотистое основание помечено соответствующей литерой:
Водородные связи в Уотсон-Криковских парах показаны пунктиром.
![]() |
Для выполнения данного задания было выбрано стандартное азотистое основание - тимин. На Рис. 3 изображены некоторые теоретически возможные неканонические пары этого основания с другими основаниями, а также каноническое Уотсон-Криковское взаимодействие T с A. Пунктиром показаны водородные связи, в качестве доноров водорода рассматривались группы -NH2 и >NH, а в качестве акцепторов - атомы O и N. Помимо этого, азотистые основания связаны с углеводом - рибозой через 1' атом углерода гликозидной связью.
![]() |
|
На Рис. 4 показана неканоническая пара T-C, которая не является энергетически выгодной и возможность её существования невысока, за счет сил отталкивания, возникающих между елктронными парами двух близкорасположенных кетонных группы двух атомов кислорода.
![]() |
[1] Хугстиновские пары |