В данном практикуме ответы на поставленные вопросы отправлялись в google-формах, однако на этой странице Вы можете ознакомиться с ними и получить дополнительные комментарии.
![]() |
Для выполнения этого задния был выбран организм - Arabidopsis thaliana - резуховидка Таля, растение, вид рода резуховидка (Arabidopsis) семейства капустные (Brassicaceae). В связи с относительно коротким циклом развития является удобным модельным организмом в молекулярно-биологических, генетических и физиологических исследованиях, где известна под транслитерацией родового латинского названия — арабидопсис [1]. Затем в базе данных NCBI Genome был выполнен поиск по организму, и получена таблица с 10 сборками генома, из которой была выбрана вторая сборка, так как для неё был указан WGS project, она характеризовалась наибольшей полнотой и включала в себя последовательность 5 хромосом. По результатам поиска также было обнаружено, что секвенирование данного организма проводилось в рамках 7 проектов и использовались 10 биообразцов. Информация о биообразце выбранной сборки генома представлена в Таблице 1, с комментариями и пояснениями, ознакомиться с ней можно по этой ссылке.
Arabidopsis thaliana (thale cress) cellular organisms; Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Streptophytina; Embryophyta; Tracheophyta; Euphyllophyta; Spermatophyta; Magnoliophyta; Mesangiospermae; eudicotyledons; Gunneridae; Pentapetalae; rosids; malvids; Brassicales; Brassicaceae; Camelineae; Arabidopsis | ||
|
|
|
По этой ссылке Вы можете ознакомиться с данными, представленными в Bioproject для выбранной сборки. Здесь представлены детали секвенирования, идентификационный номер проекта, тип данных (то есть геномное секвенирование), организм, место и дата регистрации секвенирования, публикации, ссылки в базы данных и указание локуса.
В Таблице 2 приведена некоторая информация, характеризующая данную сборку.
По этой ссылке Вы можете ознакомиться с таблицей контигов – секвенированых без пропусков фрагментов ДНК. А здесь найдёте последовательность одного из контигов.
В записи NCBI существуют таблицы особенностей, где указываются различные особенности приведенной последовательности, и в Таблице 3 собраны самые частые и некоторые интересные ключи из неё.
Mycobacterium tuberculosis,
repeat_region complement(23173..23273) /note="101 bp Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit,Class I. See Supply et al. (1997) Molecular Microbiology 26, 991-1003" |
||
Mycobacterium tuberculosis,
mobile_element 832352..832868 /note="IS1557'-1, len: 517 nt. Region similar to Insertion sequence IS1557 on MTCY373- (IS1557- 1st copy). This region is a possible MT-complex-specific genomic island (See Becq et al., 2007)." |
||
Mycobacterium tuberculosis,
gene 19361..20083 /locus_tag="BFp0027" /db_xref="GeneID:3021406" |
||
Bacteroides fragilis,
CDS complement(2149006..2150274) /gene="nanT" /locus_tag="Rv1902c" /inference="protein motif:PROSITE:PS00217" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="sialic acid-transport integral membrane protein NanT" /protein_id="NP_216418.1" /db_xref="GeneID:885057" |
||
Listeria monocytogenes,
regulatory 305..310 /regulatory_class="ribosome_binding_site" |
||
Listeria monocytogenes,
operon 318..3012 /operon="Operon_001" /experiment="EXISTENCE:[PMID:19448609]" |
||
Yersinia pestis,
rep_origin complement(70063..70336) /note="similar to Escherichia coli F plasmid RepF1b region found in GenBank Accession Number M26308" |
![]() |
Для выполнения данного задания был выбран массовый геномный проект, который на данный момент (2017 год) всё ещё продолжает действовать. The Global Genome Initiative (GGI) - всемирная геномная инициатива. Этот проект представляет собой научный проект, направленный на увеличение знаний о геномном биоразнообразии Земли, поддержании его в естественных условиях по всему миру и обеспечение доступным биоматериалом исследователей через Всемирную сеть биоразнообразия генома, передачу своих знаний о биразнообразии будущему поколению и уточнение систематического положения различных видов. Местом, в котором зародилась эта идея считаются США, а именно: Smithsonian Institute for Biodiversity Genomics (совместно с другими институтами и партнерами), началом является 2014 год. К 2020 году планируется добавить в коллекцию и сделать доступным, по крайней мере, по одному виду из каждого из 10000 семейств и по каждому виду, как минимум, из половины родов (200000). На сегодняшний день, секвенировано - 605607 образцов. По этой ссылке Вы можете ознакомиться с одной из последних публикаций по проекту.
В данном задании выбран для анилиза был Ricinus communis, или клещевина обыкноченная - масличное, лекарственное и декоративное садовое растение. Во многом интересное для науки из-за того, что в семенном ядре содержится 17% белком, в том числе токсальбумин рицин - чрезвычайно ядовитое вещество, но помимо этого все части растения содержат рицин и ядовиты для человека и животных [5]. А затем с помощью базы данных Nucleotide (NCBI) были найдены митохондриальные геномы по такому запросу: (((((((( "complete sequence"[Title]) OR "complete genome"[Title]) AND "refseq"[Keyword]) AND "mitochondrion"[Filter])) AND "ricinus communis"[Title]))) В Таблице 4 собрана некоторая информация об этом поиске.
![]() |
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta; Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; Gunneridae; Pentapetalae; rosids; fabids; Malpighiales; Euphorbiaceae; Acalyphoideae; Acalypheae; Ricinus. | |
А также с помощью программы Excel была создана таблица генов белков, закодированных в митохондриальном геноме, информация о котором найдена на NCBI. Ознакомиться с ней можно в файле gene_result.xlsx.
В Таблице 5 представлена информация о размерах генов различных организмов. Данные получены с помощью поиска организмов по базе данных NCBI. С помощью программы Excel (СРЗНАЧ) были подсчитаны средние (типичные) значения.
Было замечено, что наибольшими по размеру геномами обладают растения, а наименьшими вироиды, как организмы, представленные лишь молекулами РНК такие значения закономерны. Бактерии обладают большими геномами по сравнению с археями, которые в свою очередь больше, чем геномы вирусов.
[1] Arabidopsis thaliana - wikipedia [2] Ген, определение [3] GGI logotype [4] Ricinus communis [5] Статья о клещевине обыкновенной |