Дополнительное задание

В данном задании необходимо было разобраться с альтернативным способом построения дерева по выравниванию. С помощью программы fprotdist из пакета EMBOSS, получающей на вход файл с выровненными последовательностями, был получен файл с расширением .fprotdist, в котором в виде таблицы были записана расстояния между последовательностями белков, которые затем будут использованы другой программой - fneighbor.
Команда: 

fprotdist al.fasta al.fprotdist

Программа fneighbor получает на вход файл al.fprotdist и с помощью алгоритма Neighbor-joining строит дерево, которое записывается в файл al.treefile в виде скобочной формулы.
Команда: 

fneighbor al.fprotdist

С помощью программы MEGA эта формула была показана графически. На Рис.1 и 2 можно сравнить дерево, построенное алгоритмом Neighbor-joining в программе MEGA и программой fneighbor. Можно заметить, что они являются топологически идентичными, хотя и по-разному укорененными.

Рис. 1. Дерево, построенное алгоритмом
Neighbor-joining в программе MEGA.

Рис. 2. Дерево, построенное алгоритмом
Neighbor-joining в программе fneighbor.

Далее с помощью программы fdrawtree было построено неукорененное дерево из пакета PHYLIP, выдача программы происходит в файл в формате .ps, поэтому для его визуализации необходио было конвертировать полученный файл, например, в pdf с помощью программы ps2pdf.
Команда: 

fdrawtree -intreefile al.treefile -plotfile al.ps

Результат работы программы представлен на Рис. 3, можно убедиться, что это дерево так же топологически идентично двум предыдущим.

Рис. 3. Неукорененное дерево.

Работа с программой fdrawgram не принесла положительных результатов, так как выдавала ошибку при открытии начального файла.