Трансмембранные белки

База данных OPM

Для выполнения данного задания в базе данных OPM был выбран один белок, информация о котором собрана в Таблицу 1 - микросомальная глутатион S-трансферазу 1 (5i9k), содержащая в трансмембранной части α-спирали.

На Рис. 1 представлена PDB структура выбранного белка - 5i9k.

Рис. 1. Microsomal glutathione S-transferase 1.

Помимо этого, ещё одним выбранным белком послужил микобактериальный порин (MspA porin) с идентификатором 1uun, в трансмембранной части которого находятся β-листы.

На Рис. 2 представлена PDB структура выбранного белка - 1uun.

Рис. 2. Porin MspA.

Анализ предсказания трансмембранных спиралей

Далее с помощью двух сервисов были предсказаны положения α-спиралей 5i9k в трансмембранном пространстве. Использованные сервисы: TMHMM и Phobius, при этом на рисунках 3, 4 представлены результаты их работы соответственно. При этом на графике из первого сериса по оси абсцисс отложены координаты аминокислотных остатков белковой последовательности, по оси ординат - вероятность того, что в данном месте есть трансмембранная спираль, а линии различных цветов говорят за: синий - участки белка, выходящие в цитоплазму, красный - трансмембранные участки, розовый - участки белка, выходящие наружу. В то время как на графике сервиса Phobius по осям отложено то же самое, а цвета отвечают за: синий - участки, которых нет в цитоплазме, серый - трансмембранные участки, зеленый - участки, выходящие в цпм, красный - сигнальная последовательность (однако в выюранном белке её не напбюдается).

Рис. 3. TMHMM.

Рис. 3. Phobius.

Согласно данным графикам все три трансмембранные спирали учтены, то есть предсказание, выполненное обоими сервисами верно, вплоть до верного указания координатэтих участков. Из чего можно сделать вывод, что расхождений в работе сервисов не наблюдается.

База данных TCDB

В данной базе данных оказался представлен только микобактериальный порин, найденный по идентификатору PDB 1uun, соответствующий ему идентификатор в TCDB 1.B.24.1.1, который означает соответственно:

1. 1 - поры и каналы

2. 1.B - порины с β-листами

3. 1.B.24 - семейство микобактериальных поринов

4. 1.B.24.1.1 - в частности микобактериальный порин из организма Mycobacterium smegmatis.

В данной базе данных приведена следующая информация о микобактериальном порине: катион-селективный транспортный канал благодаря высокой плотности отрицательных зарядов, так же способен транспортировать глюкозу, серин и фосфат [1]. Данный белок можно найти в базе данных KEGG по следующим иддентификаторам: msb:LJ00_04780, msg:MSMEI_0939, msm:MSMEG_0965. Также в базе данных String представлен данный белок и его гомологичность с другими белками. В Таблице 3 приведена информация об идентификаторах GO, приписываемых данному белку, которые помогают понять примерные функции данного белка. Для микобактериального порина КОГов не найдено.

Источники: