Для выполнения данного задания в базе данных OPM был выбран один белок, информация о котором собрана в Таблицу 1 - микросомальная глутатион S-трансферазу 1 (5i9k), содержащая в трансмембранной части α-спирали.
Таблица 1. Полученные параметры для выбранных белков. |
|
Параметры |
|
Название | Microsomal glutathione S-transferase 1, structure 2 |
Толщину гидрофобной части мембраны | 25.8 ± 0.2 Å |
Координаты трансмембранных спиралей | A - Tilt: 23° - Segments: 1( 19- 40), 2( 71- 91), 3( 105- 121), 4( 132- 147) B - Tilt: 23° - Segments: 1( 19- 40), 2( 71- 91), 3( 105- 121), 4( 132- 147) C - Tilt: 23° - Segments: 1( 19- 40), 2( 71- 91), 3( 105- 121), 4( 132- 147) |
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали белка | 19 |
В какой мембране находится белок | ЭПР |
Организм | Rattus norvegicus |
На Рис. 1 представлена PDB структура выбранного белка - 5i9k.
![]() |
Помимо этого, ещё одним выбранным белком послужил микобактериальный порин (MspA porin) с идентификатором 1uun, в трансмембранной части которого находятся β-листы.
Таблица 1. Полученные параметры для выбранных белков. |
|
Параметры |
|
Название | Porin MspA |
Толщину гидрофобной части мембраны | 40.7 ± 2.1 Å |
Координаты трансмембранных спиралей | A - Tilt: 54° - Segments: 1(74-83), 2(111-119) B - Tilt: 54° - Segments: 1(74-83), 2(111-119) E - Tilt: 54° - Segments: 1(74-83), 2(111-119) F - Tilt: 54° - Segments: 1(74-83), 2(111-119) H - Tilt: 54° - Segments: 1(74-83), 2(111-119) G - Tilt: 54° - Segments: 1(74-83), 2(111-119) D - Tilt: 54° - Segments: 1(74-83), 2(111-119) C - Tilt: 54° - Segments: 1(74-83), 2(111-119) |
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали белка | 9 |
В какой мембране находится белок | Грамположительная внешняя мембрана бактерий |
Организм | Mycobacterium smegmatis |
На Рис. 2 представлена PDB структура выбранного белка - 1uun.
![]() |
Далее с помощью двух сервисов были предсказаны положения α-спиралей 5i9k в трансмембранном пространстве. Использованные сервисы: TMHMM и Phobius, при этом на рисунках 3, 4 представлены результаты их работы соответственно. При этом на графике из первого сериса по оси абсцисс отложены координаты аминокислотных остатков белковой последовательности, по оси ординат - вероятность того, что в данном месте есть трансмембранная спираль, а линии различных цветов говорят за: синий - участки белка, выходящие в цитоплазму, красный - трансмембранные участки, розовый - участки белка, выходящие наружу. В то время как на графике сервиса Phobius по осям отложено то же самое, а цвета отвечают за: синий - участки, которых нет в цитоплазме, серый - трансмембранные участки, зеленый - участки, выходящие в цпм, красный - сигнальная последовательность (однако в выюранном белке её не напбюдается).
![]() |
![]() |
Согласно данным графикам все три трансмембранные спирали учтены, то есть предсказание, выполненное обоими сервисами верно, вплоть до верного указания координатэтих участков. Из чего можно сделать вывод, что расхождений в работе сервисов не наблюдается.
В данной базе данных оказался представлен только микобактериальный порин, найденный по идентификатору PDB 1uun, соответствующий ему идентификатор в TCDB 1.B.24.1.1, который означает соответственно:
1 - поры и каналы
1.B - порины с β-листами
1.B.24 - семейство микобактериальных поринов
1.B.24.1.1 - в частности микобактериальный порин из организма Mycobacterium smegmatis.
В данной базе данных приведена следующая информация о микобактериальном порине: катион-селективный транспортный канал благодаря высокой плотности отрицательных зарядов, так же способен транспортировать глюкозу, серин и фосфат [1]. Данный белок можно найти в базе данных KEGG по следующим иддентификаторам: msb:LJ00_04780, msg:MSMEI_0939, msm:MSMEG_0965. Также в базе данных String представлен данный белок и его гомологичность с другими белками. В Таблице 3 приведена информация об идентификаторах GO, приписываемых данному белку, которые помогают понять примерные функции данного белка. Для микобактериального порина КОГов не найдено.
Таблица 3. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot A0QR29 (MSPA_MYCS2). |
|||
Аспект |
Идентификатор GO |
Название термина |
Перевод названия термина |
biological process | GO:0051715 | cytolysis in other organism | цитолиз в других организмах |
biological process | GO:0006811 | ion transport | ионный транспорт |
biological process | GO:0055085 | transmembrane transport | трансмембранный транспорт |
biological process | GO:0044763 | single-organism cellular process | клеточные процессы одноклеточных организмов |
molecular function | GO:0015288 | porin activity | пориновая активность |
molecular function | GO:0003674 | molecular_function | молекулярные функции |
cellular component | GO:0009279 | cell outer membrane | внешняя мембрана клетки |
cellular component | GO:0030313 | cell envelope | клеточная оболочка |
cellular component | GO:0046930 | pore complex | поровый комплекс |
cellular component | GO:0005618 | cell wall | клеточная стенка |
cellular component | GO:0005576 | extracellular region | внеклеточная область |
[1]MspA |