Описание белка NAD-dependent epimerase/dehydratase (НАД-зависимая эпимераза-дегидратаза)
Этот белок относится к белкам, которые используют НАД в качестве кофактора и используют для различных химических реакций. Одним из наиболее хорошо изученных белков является UDP-галактоза 4-эпимераза,
который катализирует преобразование UDP-галактозы в UDP-глюкозу в ходе метаболизма галактозы.
Таблица 1. Информация о белке НАД-зависимой
эпимеразе-дегидратазе из организма Desulfurococcus kamchatkensis (идентификатор белка в базе данных RefSeq YP_002427953)
| Вид информации |
Квалификатор в записи генома |
Значение |
| Локус гена в геноме |
/locus_tag |
DKAM_0260 |
| Имя гена |
/gene |
нет |
| Идентификатор гена в базе Gene |
/db_xref="GeneId... |
7170542 |
| Начало гена в геноме |
— |
240912 |
| Конец гена в геноме |
— |
241907 |
| На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) |
— |
прямая |
| Длина гена (в парах нуклеотидов) |
— |
996 |
| Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein |
/protein_id |
YP_002427953.1 |
| Длина белка (в аминокислотных остатках) |
— |
332 |
|
Рис.1. Изображение гена белка NAD-dependent epimerase/dehydratase бактерии Desulfurococcus kamchatkensis
Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
|
- Искомый ген кодируется на прямой цепи (направление:+1);
- Ближайшие соседние гены: с 5'-конца YP_002427952; с 3'-конца YP_002427954;
- YP_002427952: направление -1;
- YP_002427954: напраление +1;
- Расстояние от YP_002427953 до YP_002427952 8 п.н.; расстояние от YP_002427953 до YP_002427954 51 п.н.;
- Рамка считывания относительно YP_002427952 +2; рамка считывания относительно YP_002427954 +0;
- Поскольку ген YP_002427954 кодирует гипотетический белок, нельзя сказать, что он образует с исследуемым геном оперон. С геном YP_002427952 ген YP_002427953
не образует оперон, потому что гены кодируются на разных цепях;
- Ближайший ген с 5'-стороны на комплементарной цепи находится на расстоянии 0 генов, с 3'-стороны - на расстоянии 1 гена.
|
|
Источники:
|