Учебный сайт Полины Байкузиной

1. Гидрофобное ядро в белке NAD-dependent epimerase/dehydratase (Cores)

Данный белок содержит 8 гидрофобных кластеров. Наибольший из них состои из 609 атомов, что составляет 24,2% от всего числа атомов. Их наличие было установлено при помощи сервиса CluD.

Гидрофобные участки на поверхности белковой глобулы небольшие (за исключением одного), распределены более-менее равномерно.

2. Плотность упаковки атомов в гидрофобном ядре (Surrounding)

Для исследования плотности упаковки атомов в гидрофобном ядре был выбран аминокислотный остаток [PHE]67:A.

a. Атомы, которые полностью покрывают его поверхность, расположены на расстоянии не менее 5 ангстрем.

b. Характерное расстояние между соседними атомами в белке 5 ангстрем.

c. Ван-дер-ваальсов радиус атома кислорода равен 1,4 Å. Соответственно, диаметр молекулы воды равен 2,8 Å. Характерное расстояние между центрами соседних атомов до 5 Å. В этом же пространстве должны поместиться еще и половины контактирующих атомов. Следовательно, молекула воды не может поместиться между соседними атомами.

3. Изображение белка в комплексе с ДНК

Получено изображение белка FoxO1 в комплексе с ДНК. FOXO1 — фактор транскрипции, который у человека кодируется геном FOXO1; один из четырёх членов семейства транскрипционных факторов FOXO млекопитающих. FOXO1 является активатором транскрипции. FOXO1 выполняет наиболее разнообразные биологические функции среди всех членов семейства FOXO: он участвует в росте органов, реакции тканей на инсулин, регуляции клеточного цикла, ангиогенезе и злокачественном перерождении клеток.

Белки, взаимодействующие с Днк, выполняют различные функции. Например:

• гистоны участвуют в упаковке нитей ДНК в ядре и в регуляции таких ядерных процессов, как транскрипция, репликация и репарация;
• факторы транскрипции - белки, регулирующие транскрипцию;
• топоизомеразы и хеликазы изменяю степень суперскрученности в ДНК;
• нуклеазы и лигазы - ферменты, способные разрезать и восстанавливать целостность нитей ДНК;
• ДНК-полимераза — фермент, участвующий в репликации ДНК.

  Как видно на изображении, с ДНК взаимодействуют аминокислоты с заряженными и полярными незаряженными остатками.