Учебный сайт Полины Байкузиной

1.Водородные связи между атомами белка и ДНК.

С помощью программы Jmol было получено изображение водородных связей между белком и ДНК. В данном комплексе 5 водородных связей (программа выдала 11 связей, но две из них образуются с молекулами воды, остальные образуются между атомами белка).

Водородные связи нужны для связывания белка с ДНК, что необходимо для выполнения транскрипционным фактором своих функций (регуляция транскрипции).

2.Подвижность различных атомов в ЯМР-структуре.

С помощью программы Jmol и написанного скрипта проделан анализ данных,vс целью изучить подвижность атомов в разных участках белка. Были взяты 3 аминокислотных остатка из середины альфа-спиралей и 3 аминокислоты из краевых цепей белка. Для каждого остатка были измерены параметры С-альфа атомов и концевых атомов, наиболее удаленных от центра белковой глобулы. Для шести аминокислотных остатков было измерено максимальное расстояние между положениями определенного атома в имеющихся моделях белка. Результаты представлены в таблице 1.

Исходя из измерений, можно сделать вывод, что наиболее подвижны краевые части белка. Что касается атомов одного и того же аминокислотного остатка, концевые атомы радикала значительно более подвижны, чем атомы, образующие остов (пептидную связь).

Таблица 1. Подвижность атомов в различных участках третичной структуры белка.